癌症基因表达数据属性偏序表示与知识发现

来源 :燕山大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:xiaxia28
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
基因芯片技术可以在一次实验中大规模并行检测成千上万个基因的表达量,对癌症等疾病的分类、诊断研究有非常重要的实际意义。近几年来基因表达数据量呈指数式的增长,如何有效的组织分析、处理这些海量的基因表达数据,从中提取出有效的生物、医学信息已成为人们关注和研究的热点。针对这一问题,本文将特征选择方法与以形式概念分析为基础的属性偏序结构图相结合来处理肺腺癌基因表达数据,探索研究一种新的知识发现方法。本文研究了形式概念分析和属性偏序结构图的基础概念与相关定义,分析了属性偏序结构图用于知识发现和可视化数据关系方面所具有的优势,并提出了一个将特征选择与属性偏序图相结合应用于癌症基因表达数据方面的知识发现方案;之后介绍了基因表达数据方面相关内容和所要处理的肺腺癌基因表达数据来源及对其所做的预处理过程;接着结合使用T-test方法和Elastic net方法对肺腺癌基因表达数据进行了特征基因选择,共选出35个特征基因,该过程大大降低了数据的维度。最后,运用c#编程对数据进行离散化处理生成二值的形式背景,进而生成属性偏序结构图,根据图中的簇集分布及层次关系进行知识发现。最终发现,选择出的特征基因在肺腺癌肿瘤样本和正常样本中均差异表达,识别出了与肿瘤发生和转移密切相关的靶基因,而且在对比分析过程中发现吸烟影响部分基因在肿瘤样本中的表达;另外,大部分的特征基因在肿瘤样本中表达值一般,只有少数基因是高表达和低表达的。
其他文献
<正>"营改增"作为结构性减税的重要举措旨在完善我国增值税制度,将增值税制引入营业税领域,通过打通上下游企业之间的增值税抵扣链条,减轻企业整体税收负担。此外,"营改增"有
<正>城市一卡通历经十多年的发展,IC卡应用已渗透市民生活的方方面面,涉及公共交通、园林景区、小额支付等领域,市民享受着一卡通带来的安全与便捷。一直以来,交通卡普遍采用
建设社会主义新农村,是中国共产党及其主要领导人由来已久的设想和目标,党的十六届五中全会提出的这一宏伟战略,是一个全新的时代命题,其实质在于破解“三农”问题,引导传统
近年来,医疗众筹这一新型的慈善形式发展迅速,引起了社会大众的广泛关注。本文概述医疗众筹的含义和发展现状,着重分析医疗众筹中所存在的伦理问题并提出解决问题的对策,以促
目的探讨MSCT及其后处理技术在食管异物的诊断及治疗的临床价值。方法回顾性分析我院58例经过MSCT检查确诊并经食管镜或手术治疗证实的食管异物的CT影像资料。结果 MSCT异物
研究背景:恶性肿瘤是严重威胁人类健康的主要原因之一。由于缺乏有效的治疗手段,在恶性肿瘤中,肺癌的致死率最高。因此,深入探索肺癌的发病机制以及寻求新的治疗靶点显得尤其
以森基米尔180轴承为样本,开发了密封圈密封性能试验机,进行轴承密封圈的试验研究,以解决轴承在装配过程中的质量、效率及成本问题。
目的:探讨影响年龄435岁结直肠癌患者的预后因素。方法:回顾性分析中国医学科学院肿瘤医院2004年1月1日志2009年12月间收治的152例年龄≤35岁的结直肠癌患者的临床病理资料。采
上海是一个被不断赋予意义的城市,她是中国最为现代化的城市,在这座城市现代、飞速、时尚的面貌之下,又有着窘迫的城市空间状态和世俗的市民阶层。这种多元复杂性体现在文学
高层建筑结构设计一直在摸索的过程中前进,各种高层建筑结构各有利弊,需要在应用过程中进行不断的思考和完善。本文通过分析高层建筑的建筑结构特点,提出了在高层建筑的建设