在企业正常经营阶段，不佳的公司治理结构是导致公司陷入破产境地的重要原因之一，而在破产清算期间，良好的公司治理结构则是实现公司顺利完成清算的有效保证。因破产清算企业中治理问题的特殊性和复杂性，必须依据各参与主体的利益和地位重新分配权责利，将破产清算中的三大核心权力——所有权、控制权和监督权配置到相关机构，从而形成一种相互制衡、运作有效的制度安排。由于我国《破产法》考虑尚不周全，条文比较原则性，可操作性不强；同时，缺乏与《公司法》、《证券法》等相关法律的协调，使我国目前破产清算的开展显得困难重重。由于缺少完善的清算治理机制，目前破产清算进程中存在着许多问题，例如：破产欺诈行为、关系人缺项现象、对管理人监督不到位、管理人和法院滥用职权等。本文运用产权、委托代理及组织结构等相关理论，结合实际破产清算案例，对清算期间的特殊问题进行深入研究，以便完善治理结构理论，构建一套在破产清算期间有效运行的公司治理机制。并根据破产清算流程将破产清算分为转入、进行、终结、追加等四个阶段，针对每一阶段出现的问题，提出完善破产清算公司治理的完善措施，主要围绕以下几方面展开：一是合理配置三大权力，完善破产清算中的机构设置。二是重视各利益关系人在破产清算中的地位与作用。三是完善配套制度，包括管理人准入制度、管理人报酬激励机制等。