2006年2月中国注册会计师协会颁布了《中国注册会计师审计准则第1324号——持续经营》目的是更有效地规范审计师的执业行为,提高审计质量,为报表使用者提供更有用的信息。本文目的是研究注册会计师依据新准则实施的持续经营审计判断是否存在差异。本文选取了2006到2008年间由于持续经营能力存在不确定性而被出具非标准审计意见的所有A股上市公司作为研究对象。首先统计了持续经营审计意见的总体情况,并从各个方位进行了描述性统计分析；然后本文根据持续经营审计准则,统计了样本公司中重大疑虑事项出现的频率,并以此为依据,把重大疑虑事项转换为相关财务指标,构建了Logistic回归模型,检验了本文指标选取的有效性,结果发现本文选取的变量是有效的；最后,对于审计判断差异的研究,本文利用非参数检验方法,实证研究了标准审计意见与持续经营审计意见之间、持续经营意见内部各种意见之间是否存在差异。研究结果发现：标准审计意见与持续经营审计意见之间判断一致性较好；在持续经营非标准审计意见内部,存在显著的判断差异,具体来说：在强调无保留意见组与保留意见组之间、无法表示意见组与保留意见组之间,注册会计师的判断一致性较差。