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三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus Miers)具有较高的经济价值,主要分布于中国、口本、朝鲜等海域,中国沿海各海区都有分布。其所属的梭子蟹亚科(Portuninae)是梭子蟹科(Portunidae)中种类数最多且分布广泛的一类,在不同沿岸海滨地区颇为常见,是我国重要的海洋经济蟹类,该亚科的很多种类都是著名的大型食用蟹。本论文针对不同海区三疣梭子蟹种群的遗传结构差异及梭子蟹亚科的物种多样性和分子亲缘关系进行讨论。本文对13个采自不同地点的三疣梭子蟹标本的mtDNA D-loop片段序列进行测序(不包括引物约1241bp)。其中它们种群间的遗传距离平均为0.025,并发现邻接法(Neighbor-Joining method; NJ)、最小进化法(Minimum Evolution method; ME)及最大简约法(Maximum Parsimony method; MP)所绘出的系统发生树图中,中国沿海的三疣梭子蟹种群间存在明显的基因交流,不同海区的种群已混杂。从育种、养殖和资源保护角度出发,迫切要求对三疣梭子蟹的种质基因库进行分析,揭示其遗传背景,以便根据群体遗传结构确定合理的增殖策略,制定科学的保护措施,确保优良种质的持续利用和健康发展。此外,本论文还以10个物种的梭子蟹,各自采用mtDNA12S rRNA、16S rRNA和COI基因序列对其进行分析(不包括引物,分别为381bp、538bp和676bp),其中它们种间(包括来自GenBank的数据)的平均遗传距离分别为0.128、0.128和0.164,并发现用NJ、ME和MP所绘出的系统发生树图中其分子亲缘关系在很大程度上反应在形态特征上。因为基于12S rRNA、16S rRNA和COI基因部分序列所进行的分析,结果其自举置信水平都较高且系统树接近,与根据形态分析所得分类结果大致相同,基本上可以确定沿海梭子蟹亚科物种间的亲缘关系本研究发现,mtDNA D-loop与12S rRNA、16S rRNA和COI基因序列分别在作为三疣梭子蟹不同种群间种质鉴定的分子标记与推断梭子蟹亚科物种间的亲缘关系都是可行的。本文研究的梭子蟹分子进化,不仅为蟹类进化提供了有意义的理论研究,也为梭子蟹开发利用和种质资源保护提供了指导。