本文从研究生物序列的局部相似性查询入手，提出了一种基于块排序结构压缩索引结构的生物序列查询算法。一方面降低了索引的空间要求代价，提高空间利用率；另一方面通过引入片段向量的概念，在片段向量的扩展同时，进行动态规划算法，基于A*搜索算法原理，在搜索过程计算剩余查询序列完全匹配的上界，首先扩展最可能产生结果的片断向量，从而提出更好的削减策略，进一步提高了过滤效率，而且根据索引的特点，在后处理时提高返回结果的速度，降低了时间复杂度，从而在保证了查询结果的准确率前提下，提高了查询的效率。 基于块排序索引的序列查询算法进行了正确性验证和性能实验分析，大量的实验表明，该索引结构在序列局部相似性查询的情况下优于现有索引结构，是一种有效的处理生物序列的相似性查询的索引结构。