甲状腺结合前清蛋白(TTR)为血浆运输蛋白的一种，主要运输甲状腺素和维生素A结合蛋白。甲状腺素及其同系物可以在TTR中心空腔内结合。在一些非自然条件下，TTR能够形成淀粉化纤维，淀粉化纤维造成新陈代新紊乱，最终导致组织淀粉化类疾病。已有实验表明一系列小分子能够和TTR四聚体有效结合。这个结合增强了TTR四聚体的稳定性，而阻止了其分解，在体外有效地阻止了淀粉化物的形成。本文采用分子对接与分子动力学模拟来研究抑制剂分子与TTR的结合模式，并通过MM/PBSA和MM/GBSA的方法计算体系的结合自由能，对于寻找高活性的抑制剂有重要的意义。主要工作如下： 1、本文采用动力学模拟研究了flufenamic acid(FLU)and N-phenylphenoxazine(BPD)与TTR的结合模式。对TTR与FLU、BPD复合物的晶体结构进行动力学模拟。TTR与FLU，BPD的动力学模拟结果解释了负性结合和独立结合的机理。FLU在第一个结合位点结合后，引起第二个结合位点的扩张导致FLU分子在第二个结合位点结合能力的削弱。但是BPD在第一个结合位点结合后，第二个结合位点变化不明显，BPD分子可以在第二个结合位点紧密结合。 2、采用：MM/PBSA方法计算了TTR与FLU，BPD的结合自由能。其计算结果能较好的与实验值匹配，从能量的角度解释了FLU和BPD与TTR结合的不同结合模式。采用MM-GBSA方法得到了对TTR与配体结合自由能较大的贡献的残基，为设计高活性的小分子抑制剂提供了能量方面信息。 3、利用：DOCK程序对TTR与几个系列抑制剂分子进行对接，预测TTR与不同抑制剂结合的复合物结构。将对接所得到的TTR与抑制剂的复合结构进行MD模拟。同样利用MM/PBSA和MM/GBSA的方法计算抑制剂分子与TTR的结合自由能。结果说明抑制剂与TTR结合采取多种结合模式，并且能够有效地抑制TTR四聚体的分解，这与实验结果相一致。