2013年11月召开的十八届三中全会是我党历史上又一次划时代重大事件,会议通过的《中共中央关于全面深化改革重大问题的决定》是指导我国新时期改革发展的总蓝图和总纲领,同时全面深化改革总目标和关于市场与政府关系的论断对海关全面深化改革意义重大。海关区域通关一体化就是贯彻十八届三中全会精神的重大决策,是对市场经济理论逻辑和海关改革历史逻辑的统一和把握。然而有改革就有机遇,有机遇就有创新的需要,海关内部审计作为系统内部的监督管理部门在海关区域通关一体化形式下也将面临新的挑战与改变。文章对海关区域通关一体化形式的现状以及在此形式下引发的内部审计的变化进行了全面系统的总结和分析,认真梳理在区域通关一体化形式下,内部审计面临的新的挑战,并就如何更好的发挥内部审计作用,提出有针对性的内部审计流程,并提出保障新的审计流程顺利实施的对策及建议。进而为海关系统内部审计工作的提升提供参考。