随着科学技术的进步和知识经济的快速发展，研发投入成为国家经济增长的重要源泉，也是影响企业生存发展的重要战略决策行为，得到国内外众多学者的广泛关注。而企业研发投入活动的强度将会直接影响到创新的效率和效果，进一步的影响企业适应市场变化能力，最终影响企业的经营绩效和生存发展。因此，如何通过构建合理的股权结构来决定企业有效的研发投入，从而提高企业的经营绩效是本文进行探讨的问题。且在公司治理的框架内，研究研发投入与股权结构以及企业经营绩效之间的关系有着重要的理论和实践意义。本研究从企业研发现状和当前我国创业板上市公司的发展情况出发，采用规范和实证相结合的方法，对我国创业板130家制造业上市企业的股权结构与企业研发投入强度以及企业经营绩效三者之间的关系进行分析研究。实证研究过程中企业研发投入是研究的核心，也是本文的中介变量，股权结构采用第一大股东持股比例和股权集中程度以及股权制衡程度来作为衡量指标，企业的经营绩效用净资产收益率进行衡量，对三者之间的关系研究后得出以下具体结论：（1）第一大股东持股比例与研发投入和企业经营绩效之间均存在正相关关系；（2）股权集中度与研发投入之间和企业经营绩效之间均存在正相关关系，即前五大股东持股比例越高，对企业研发投入活动是越有利的，并且一定程度上也使企业的经营绩效得到提高；（3）股权制衡度与研发投入之间和企业经营绩效之间均存在正相关关系，即第二至第五大股东对第一大股东的制衡度越高，越有助于企业的研发投入活动，有助于企业经营绩效的提高；（4）研发投入在股权结构对企业经营绩效产生影响的过程中，存在部分传导作用，即研发投入在股权结构和企业经营绩效之间存在中介效应。最后，在上述研究的基础上对本文的研究进行总结，提出了相关建议，分析了研究的不足之处以及对未来研究的展望。