我国内地与港澳知识产权冲突的存在有其特定的历史、经济、文化等原因，不论是在知识产权的实体法方面还是程序法方面内地与港澳的知识产权制度都存在差异，在实质上制约着区域间的经济交流合作。粤港澳更紧密合作区的建立和实现要求在实践中建立一套从根本上解决知识产权冲突的协调机制。通过逻辑分析和比较分析，借鉴国际上的先进经验，设想在我国粤港澳地区进行先试，法律先行，从《宪法》、《立法法》、《地方组织法》等从上到下的法律赋予地方政府签订此类协议的权利，并对其生效条件、生效程序、争端解决等做出原则性和相对具体性的规定。同时辅之以一套相对完整的协调机构，即建立一套包含有决策机构、常设机构、争端解决机构等在内的完善机构组织，辅之以优先权制度、转换申请制度和专门法院管辖等制度的复式知识产权制度，同时充分发挥专业团体以及民间组织的作用，以期望为解决我国内地与港澳知识产权冲突提供帮助。