改革开放初期，淮河流域各级地方政府在推动当地经济发展的过程中，一定程度上忽视了对水环境的管理与保护，致使80年代后期淮河流域水质持续恶化，水污染事故频繁发生。自1995年《淮河流域水污染防治暂行条例》颁布至今，淮河流域水环境管理工作已开展了约二十年之久，中央及淮河流域各级地方政府共投入资金960亿，颁布了一系列的政策法规，设置了大量的组织机构，建成了一批治污工程项目。目前淮河流域水环境管理工作虽取得了一定的成绩，但淮河流域水质状况并未得到根本改善。研究发现，淮河流域“久治不愈”的主要原因之一是，目前现行淮河流域水环境政府管理主体系统与待治理的淮河流域水环境客体系统两者之间的特征不能完全匹配。因此，如何优化淮河流域水环境政府管理主体系统，使其组织与运行能够与水环境客体系统所呈现出的基本特征相一致，是目前亟需解决的重要问题。本文以系统论相关思想为指导，通过研究淮河流域水环境客体系统内各子系统（包括自然要素系统、社会要素系统）之间的相互关系，总结出了淮河流域水环境客体系统的基本特征，在此基础上理清了淮河流域水环境政府管理主体系统组织与运行所应遵循的原则。从而以上述原则为标准审查当前淮河流域水环境政府管理主体系统现状（规划制定子系统、规划实施子系统、水质监控子系统、跨界水污染事故仲裁子系统），并指出其问题所在：（1）淮河流域水环境管理规划制定系统被现有行政体制严重分割；（2）水质监控系统内各机构之间行政隶属关系混乱、社会组织参与不足；（3）规划实施系统内各职能部门各自为政；（4）淮河流域跨界水污染事故仲裁系统基本缺位。针对上述问题，又以淮河流域水环境政府管理主体系统组织与运行所应遵循的原则为指导，提出了优化淮河流域水环境政府管理主体系统的对策：即统一流域水环境规划制定系统；建立一体化的流域水环境监控系统；理顺规划实施系统内主体间权责关系；建立健全淮河流域水污染事故仲裁系统。