在经济全球化的今天,产业内分工甚至是产品内分工已经成为全球大趋势。前几十年中,中国依靠国内制造业廉价的劳动力以及规模效应所带来的低成本优势在国际合作中分到了一杯羹。但如今,随着社会经济水平的提高,国内劳动力成本逐渐增高,传统制造业面临着巨大的挑战。在这样的大背景下,制造业的转型升级已是势在必行。培养企业自主创新能力作为企业转型升级道路上最关键的手段,能否对制造型企业在供应链中的地位产生实际影响,而这种影响又会对企业的运作产生哪些作用,这些都是本文所探讨的。本文对2011-2013年创业板及中小板中制造型企业的相关数据进行了搜集与分析,并运用单阶段线性同归模型及联立方程模型对供应链中企业地位与企业自主创新能力的关系进行了实证分析。研究结果发现：(1)企业自主创新能力的提升能显著增强企业在供应链中的地位；(2)企业供应链地位的增强反过来又会促进企业自主创新能力的提升,二者呈现出一种互相促进,互为因果的关系；(3)制造型企业的财务风险水平是影响企业供应链地位的重要因素,在上下游关系中,客户集中度的提高有利于提升企业在供应链中的地位,而供应商集中度却相反；(4)除企业供应链地位的影响外,企业自主创新能力还受到企业员工整体水平、企业所处市场环境及受政府支持力度等方面的显著影响。本研究创新运用企业上下游问占资的财务指标来刻画企业在所处供应链中的地位,在传统企业竞争力刻画的基础上充分考虑了当今供应链背景所带来的影响；本文系统性地讨论了供应链中企业地位与企业自主创新能力的相互影响机理,加深了对培养企业自主创新能力重要性和作用的理解；本文的研究结果对于制造业处于转型升级关键时期政府职能的发挥和政策效益的评价都具有一定的意义。