在建设创新型国家的过程中,高技术产业发挥了重要作用,有力地促进了产业结构调整,为经济发展、社会进步、民生改善、国家安全提供了重要支撑。自主创新是发展高技术产业的基础,也是高技术产业发展的核心动力。客观全面地评价高技术产业的自主创新效率,不但有利于改善高技术产业自主创新活动的绩效,同时对加快转变经济发展方式、促进产业结构优化升级和提升国家核心竞争力有重要作用。论文采用无干扰研究法和DEA方法,首先对高技术产业技术创新效率评价的相关研究进行了分析和提炼,结合自主创新活动的特征,构建了高技术产业自主创新效率的评价指标体系,分为自主创新投入指标和产出指标两部分。接着运用DEA方法改进的BCC模型,采用2006年的投入指标数据和2008年的产出指标数据,利用DEAP2.1软件,对中国高技术产业的自主创新效率从区域视角和行业视角进行了评价分析,得出了高技术产业的自主创新综合效率、纯技术效率和规模效率。最后通过投影分析,得出了非有效决策单元各投入和产出应该改进的方向和程度。研究得到如下结论:DEA方法是评价产业自主创新相对有效性的一个科学的方法;我国高技术产业不论是从地区还是行业来说,其自主创新效率多参差不齐,只有少数行业或地区自主创新达到或者接近DEA有效,而大多数行业和地区的自主创新还处于DEA非有效;已达到DEA有效的行业或地区,其自主创新发展应以动态的技术有效和规模有效为目标,未达到DEA有效的行业应找出导致非有效的原因,调整发展方向;政府对提高高技术产业的自主创新效率起着非常关键的作用,应努力完善高技术产业科技管理制度,优化创新资源配置,提高创新投入和产出能力,完善创新发展模式。