东晋南北朝是中国古代思想的重要变化期,这最突出的表现就是儒家独尊的局面为以儒为主,佛道为辅,三教并存的思想格局所取代。这一时期,外来的佛教在中国的传播和发展过程中,与中国固有文化之间发生了激烈冲突。这些冲突主要有神灭与神不灭之争,因果报应之争,夷夏之争,设教高低之争,王权与教权之争等。这些争论构成了这一时期三教关系的重点。经过这些争论,佛教与中国文化的不同得以全面展现,人们对佛教的了解得到了加深,同时佛教界认识到要在中国发展就必须适应中国王权至上的宗法性的文化传统,承认忠孝观念。经过这一曲折发展,佛教最终成为中国文化有机组成部分。道教在这一时期由分散的、不成熟的民间宗教通过纳入儒家的伦理纲常、吸收佛教的部分教义戒律,经改造和充实后发展成为成熟的宗教,侧列三教之中。三教并立又互相补充的思想格局在这一时期初步形成。