鳜鱼隶属鲈形目（Perciformes）鮨科（Serranidae）鳜亚科（Sinipercinae）。鳜鱼作为东亚地区特有的名贵鱼类，具有较高的生态价值、经济价值和科研价值。鳜鱼因其肉质细嫩、味道鲜美、营养丰富，而受到广大消费者的欢迎。长期以来，受自然环境因素和人为因素两方面的影响，珠江水系鳜鱼的遗传多样性急剧下降。一方面，气候异常变化、地质灾害频发破坏了鳜鱼的生境；另一方面过度捕捞、人工养殖、环境污染及修建水坝，不仅使鳜鱼的个体迅速下降、种质资源受到破坏，而且影响了不同群体间的基因交流。不仅珠江，在长江流域鳜鱼也面临着遗传多样性下降的严峻趋势。作为东亚地区特有的重要经济鱼类，鳜鱼急需加强保护。本文基于线粒体细胞色素b基因，对珠江水系干流及其4个主要支流共计126尾鳜鱼进行遗传多样性分析。得到如下结果：1.遗传多样性方面，珠江7个地理群体的126尾鳜鱼中，共发现16个单倍型，平均单倍型多样性（Hd）为0.773，核苷酸多样性（Pi）为0.00195，呈现高单倍型多样性低核苷酸多样性的特点。表明鳜鱼可能经历过瓶颈效应或奠基者效应，短期内通过变异积累了足够的单倍型多样性，但相同时间却不足以积累核苷酸多样性。其中以柳州群体遗传多样性最高，而三江群体遗传多样性最低，这可能是因为三江地区地质结构复杂，鱼类生活环境较差，而柳州地区区域稳定性较好且处于柳江干流，便于与其他群体进行基因交流。2.遗传分化方面：基于线粒体Cytb基因的NJ系统树中，不同地理群体的鳜鱼没有表现出明显的地理聚群现象，说明没有形成明显的地理结构。珠江水系7个地理群体之间的遗传距离均为0.002，各群体内部遗传距离在0.001-0.002之间。AMOVA分析结果表明，群体间差异仅为8.40%，而群体个体间差异高达88.04%，说明珠江不同水体之间的差异主要来自群体个体间的变异。珠江水系7个地理群体中，三江群体和其他群体之间均发生了不同程度的遗传分化，这可能是由于三江处于柳江支流上游，远离干流，且三江地理环境较差，故阻碍了三江群体同其他群体间的基因交流。3.种群扩张方面：歧点分布图、Tajima’s D和Fu’s Fs中性检验结果都表明，在7个鳜鱼群体中，三江群体和柳州群体历史上发生过种群扩张，而鳜鱼作为一个大的群体没有发生过扩张。估计出鳜鱼三江群体、柳州群体的种群扩张时间分别为15~40万年前、18~45万年前。