面对高校学科数量快速增长的局面,高校内部管理的难度日趋增加。为推动我国高等教育发展,培养创新人才,学部制这样一种全新的组织形式应运而生。学部制的兴起一方面可以将高校中不同学科的资源进行整合,有利于创新人才的培养。另一方面,高校科研能力的全方位提升也需要通过学部制来实现。目前,我国学部制建设还处于起步阶段,面临着一些问题与挑战。研究学部制建设面临的困境与对策,无疑具有重要的现实意义。现阶段,完善内部管理体系的驱使、人才培养的需要、政府的积极推动、打造“双一流”大学的要求、学术文化建设的选择是高校进行学部制建设的动力来源,同时高校在学部制建设过程中面临着学部定位存在偏差、行政权力与学术权力的冲突、学科融合深度不足和部门间缺乏协调的问题,究其原因,在于领导认识的不统一、畏惧变革的心理、学科边界的固化及学院的门户观念。最后,根据学部制建设遇到的困境,提出要从明确学部制建设的宏观思路、优化高校的组织管理体系、加强学部的制度设计、立足实际选用合适的学部运行模式这四个角度予以解决。对我国高校学部制建设面临的困境与对策进行研究有助于完善高等教育管理体制,提升高校学术水平,推动现代大学制度的建立。