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虾虎鱼亚目（Gobioidei）鱼类统称虾虎鱼类，是现生的鲈形目鱼类中最大的一个类群，分布广泛，适应能力强。由于个体小，姐妹种难辨别等问题，关于虾虎鱼的研究有限。本研究采用DNA序列对浙江沿海刺虾虎鱼属（Acanthogobius）和缟虾虎鱼属（Tridentiger）进行分子分类和系统地理研究，研究结果如下：浙江沿海刺虾虎鱼属的线粒体细胞色素氧化酶亚基I（COI）DNA序列分析：通过对来自浙江沿海30个刺虾虎鱼的COI基因片段测序，经比对、剪辑后得到了615bp的DNA片段。检测出10个多态性核苷酸位点，7个单倍型，单倍型多态性指数（Hd）为0.69，核苷酸多样性指数（π）为0.0033；根据Kimura双参数模型计算的遗传距离得知，刺虾虎鱼种内的遗传距离为0.002-0.013（平均值0.007），种间遗传距离为0.158-0.217（平均值0.186），属内种间的距离显著大于种内的距离（约27倍）。浙江沿海获得的30个刺虾虎鱼均属于同一种，即斑尾刺虾虎（A. ommaturus）。此外，COI基因序列分析结果提示，斑尾刺虾虎（A. ommaturus）与斑尾复虾虎（Synechogobiusommaturus）和矛尾刺虾虎（A. hasta）为同种异名。浙江沿海缟虾虎鱼属线粒体COI和核Ryr3DNA序列研究：通过对来自浙江沿海203个缟虾虎鱼的DNA测序，获得了582bp的COI核苷酸片段和789bp的Ryr3基因序列，COI DNA序列共定义了27个单倍型，Ryr3共定义了40个单倍型。研究结果显示，除了髭缟虾虎鱼（T. barbatus）和纹缟虾虎鱼（T. trigonocephalus）外，我们还发现了双带缟虾虎鱼（T. bifasciatus），三个物种的样本数分别为21个、40个和142个。基于COI基因结果，纹缟和双带缟虾虎鱼的种间遗传距离（K-2-P）分别为0.001-0.003、0.001-0.011，种内遗传距离为0-0.001、0.001-0.006。Ryr3基因结果显示，纹缟虾虎鱼的种间遗传距离为0.002-0.003，种内遗传距离均为0.001，双带缟虾虎鱼的种间和种内遗传距离（K-2-P）均为0.001。贝叶斯系统关系显示，双带缟虾虎鱼与纹缟虾虎鱼比与髭缟虾虎鱼具有较近的亲缘关系，这一结果支持了台湾鱼类志中把髭缟虾虎鱼单独分成一个属的观点。分子系统地理分析表明，浙江沿海纹缟和双带缟虾虎鱼的遗传多样性较低。纹缟和双带缟虾虎鱼的COI和Ryr3单倍型网络图表明各地理群体的单倍型没有形成独立类群。根据COI数据，纹缟和双带缟虾虎鱼地理群体间的遗传分化指数（FST）分别为0.015-0.859、-0.006-0.686；根据Ryr3数据，纹缟和双带缟虾虎鱼地理群体间的FST值分别为0.037-0.231、-0.004-0.299。这些结果说明了纹缟和双带缟虾虎鱼物种内各地理群体间没有显著的群体分化。初步分析，有以下几个原因，一、同一物种不同群体间的隔离时间不久；二、该海域无障碍，海洋生物通常在非常广阔的范围内有较低的遗传分化；此外，台湾暖流与长江和钱塘江的入海径流的交汇，海流有助于海洋生物卵、幼体及成体的扩散造成了群体遗传结构差异不显著。