社会的发展导致国家职能扩张,公民的权利意识不断增强,单纯的单方行政强制手段已经不能完全适应法治社会的发展,伴随于此,行政合同作为一种更“柔和”的行政管理方式出现并被广泛运用于行政活动当中。行政合同纠纷的及时、公正解决是行政合同制度发挥优势的保证。我国现有的行政合同纠纷解决机制不能完全有效地解决行政合同纠纷,相关立法存在矛盾和漏洞,进而导致司法实践中法院态度不一。在学界和实务界,对行政合同纠纷能否运用仲裁方式解决存在争议,但是司法中适用仲裁解决行政合同纠纷实践的出现,不得不令我们站在一个崭新的角度来理性、公开的看待这一命题。仲裁作为ADR重要的组成部分,相对于协商、调解、行政复议和行政诉讼等纠纷解决机制,其在行政合同纠纷的解决中有较为明显的优势,且仲裁模式的专业性、保密性、高效性的特点与行政合同纠纷及时、公正解决的需求非常契合。仲裁产生的依据在于“当事人意思表示自由”,它的效力产生的基础在于取得当事人共同的意思合意,主动授予独立的第三人以权力,以求解决当事人之间的纠纷,各方当事人的授权及意思表示自由是整个仲裁机制的理论基础与正当性支撑。而行政合同中大量存在的民事因素如平等协商、意思表示达成合意、当事人授权与仲裁的理论基础与正当性基础相符。主要发达国家以及我国台湾地区都有以仲裁解决行政合同纠纷的实践做法,且效果良好。在行政合同签订过程中,行政合同各方当事人在行政合同中约定仲裁条款也是实践中常见的作法,我国司法实践中,法院承认行政合同当事人的仲裁协议的效力的现象也存在。基于行政合同本身双方行为的显著特性,有必要对情形各异的行政合同纠纷进行类型化处理,在不影响公权力行使的前提下,在非因另行的行政行为导致的行政合同纠纷中,应当尊重当事人的选择,允许仲裁运用于行政合同纠纷解决当中,与现有纠纷解决方式构成多元化纠纷解决机制,提供更多可供当事人选择的纠纷解决途径,符合当事人的诉求,同时也能减轻法院的审判压力,有其可行性与必要性。毕竟,法律的目的是为了提供给当事人更多可选择的权利,绝非是限制争议解决的途径。因此,本文认为,尊重并且维持《仲裁法》的纠纷解决路径设计,允许行政合同纠纷通过仲裁的方式解决,具有一定的现实意义,不失为一种解决问题的对策。