论文部分内容阅读
目的：分析蛋白酪氨酸磷酸酶非2型受体(PTPN2)基因的四个多态性位点rs2542151、rs7234029、rs1893217和rs2847297单核苷酸多态性(SNP)与中国人群白塞病(BD)遗传易感性的关系,探讨所选SNP位点与BD的常见临床表现(口腔溃疡、生殖器溃疡、眼炎)及性别的相关性。方法：采用Sequenom MassArray质谱阵列技术,对来自中国的407例BD患者(实验组)和679例健康人(对照组)的rs2542151、rs7234029、rs1893217和rs2847297这4个多态性位点进行基因分型,利用Plink1.07软件分析各位点在实验组和对照组的Hardy-Weinberg平衡(HWE),分析4个SNPs位点的等位基因频率、基因型频率和遗传模型在病例组和对照组中的分布差异及在性别分组后的差异,同时分析位点基因型频率在临床表型分层中的差异,以比值比(OR)和95%可信区间(CI)表示相对风险度。用Haploview软件构建和分析PTPN2基因相关位点的单倍型并分析其单倍体型与BD的相关性。结果：1、白塞病组和对照组在性别、年龄构成上差异均无统计学意义(P均>0.05),且rs2542151、rs7234029、rs1893217和rs2847297这4个SNPs位点在性别分层前均符合Hardy-Weinberg平衡(P均>0.05),样本具有可比性及群体代表性。在进行性别分层后,在女性人群分组中4个多态性位点在实验组和对照组中均符合Hardy-Weinberg平衡(P均>0.05),在男性人群中多态性位点rs2542151和rs1893217在对照组中不符合Hardy-Weinberg平衡(P均<0.05)。2、在BD组中rs1893217的T/T、T/C、C/C基因型频率分别为67.6%、30.7%、1.7%,对照组中为74.8%、22.4%、2.8%,两组间基因型频率比较差异有统计学意义(χ2=10.01,P=0.028),其T、C等位基因频率在实验组和对照组分别为82.9%、17.1%和86.0%、14.0%,两组间比较差异无统计学意义(OR=1.27,95%CI=0.99-1.61,P=0.208)。同时,rs2542151、rs7234029和rs2847297这3个多态性位点的等位基因频率和基因型频率在实验组和对照组之间比较差异均无统计学意义(P均>0.05),rs1893217、rs2542151、rs7234029和rs2847297这4个多态性位点在三种遗传模型(显性模型、隐性模型、加性模型)下,基因型频率在BD组和健康对照组间的差异均无统计学意义(P均>0.05)。3、在女性人群中,多态性位点rs2542151、rs7234029、rs1893217和rs2847297的等位基因频率在两组间差异均有统计学意义(OR=1.55,95%CI=1.10-2.20,P=0.048; OR=1.48,95%CI=1.12-1.96,P=0.024;OR=1.63,95%CI=1.16-2.30,P=0.02;OR=1.54,95%CI=1.17-2.03,P=0.008), rs1893217和rs2847297的基因型频率在两组间比较差异有统计学意义(P=0.028;P=0.024),另外,多态性位点rs2847297在加性模型及显性模型下,两组间基因型频率比较差异有统计学意义(P=-0.020；P=0.024),rs1893217在显性模型下,两组间基因型频率比较差异有统计学意义(P=0.024),而这四个位点在隐性模型下差异无统计学意义(P均>0.05)。在男性人群中,rs7234029和rs2847297的基因型和等位基因频率在两组间比较差异无统计学意义(P均>0.05),两位点在3种遗传模型下基因型频率比较差异也无统计学意义(P均>0.05)。4、临床症状分析结果显示,rs1893217和rs2847297位点在未患眼炎的BD组和对照组间的差异有统计学意义(OR=1.34,95%CI=1.03-1.73,P=0.024；OR=1.23,95%CI=1.00-1.50,P0.043)。5、PTPN2基因的三个SNPs位点rs2542151、rs1893217和rs2847297在共同的LD区域里(r2>80),三个位点形成了TAT、TGT和GGC三个单体型,三个单体型在BD组与对照组间差异无统计学意义(P均>0.05)。结论：多态性位点rs1893217可能与中国人群BD易感性相关,rs2542151、rs7234029、rs1893217和rs2847297可能与女性人群白塞病易感性相关,rs2847297和rs1893217位点可能与非眼炎的白塞病患病相关。