书院是中国古代社会特有的教育机构,发展至晚明（隆庆至万历）,达到了中国古代书院教育事业的最后高峰。士是中国古代社会特有的政治、人文精英阶层,是书院教育制度培育的主要群体。在晚明动荡的历史时期,朝政腐败,文教颓坏,而书院却在全国范围内大盛,包括东林书院,关中书院,江右、徽州地区的书院,以及首善书院等等。以上书院不仅为晚明动荡时期的士人提供了安静的生存空间,更深刻影响了他们的道德观念、人生理想等,最终培育了独具晚明时代特色的士人精神。明代是文化专制主义高度发达的时期。明前期,统治者集中精力兴办官学教育,网罗天下士人。这时,以阐扬不同学术宗旨、推崇相互论辩学理的书院,整体呈现一片凋敝状态。至明中后期,伴随着政教的逐渐衰落,以及心学的发展变衍,当时士人渐渐陷入了不尚读书、不务博涉,癫狂恣意、自我放逐的状态。在此背景下,顾宪成、高攀龙、冯从吾等思想家们挺身而出,各竭其力,重振书院。他们不仅从理论上为晚明书院教育的发展提供了思想基础,更以毕生精力践行推进复兴晚明书院的实践活动。通过他们的努力,明代书院在隆庆至万历年间臻于大盛,扶正了晚明士人的精神气质。大致而言,晚明书院“觅人文师地”、“择自然圣地”而建的选址原则,以及书院内部灵活的建筑布局安排,陶冶了晚明士人崇礼克己、正心修身,隐修避匿、守其至性,贵和尚中、崇实去浮的精神;晚明书院规整的讲会活动,催生了晚明士人继续学脉、重整道德,乐群协作、宽容共进,忧国忧时、务在实事的精神;以及在晚明时期,皇权与书院以及士人之间的种种激烈对抗,彰显了晚明士人的刚烈正气和殉道精神。此外,晚明士人精神余韵的绵延,又对后来的“复社”、“几社”等社团,以及明清之际的黄宗羲、顾炎武、王船山等思想家,产生了深远影响。