我国高等教育改革已取得初步成效,逐渐步入改革深水区。政府、高校与社会三者之间的关系这个核心问题得不到解决,高等教育体制改革就难以深入。在这一层次的改革中,政府将是改革的主要对象、着力点和推动力。目前我国政府管理高校的现状为:在高校管理中,政府是实质上的宏观管理者,在高校办学中,政府将高校视为其附属单位进行直接管理,在高校评估中,仍以政府为主导,评估运行机制的行政行为特征明显。但政府的主要职能是掌舵而非划桨,我国政府目前履行其管理教育职能过程中仍存在许多问题亟需改进。一方面表现为政府职能越位、错位、缺位等自身存在的突出问题,另一方面表现为政府“管理高校”带来的外在表现。以上问题的成因源于政府、高校、社会等多方面,但政府层面是问题的症结与解决的突破口。治理理论倡导主体的多元性、过程的动态性、基础的互动性、手段的多样性和治理对象的广泛性。受治理理论启示,政府在高校治理中应明确自身职能定位,着力打造有限政府、服务型政府和合作治理型政府,并在治理理论指导下厘清政府治理高校的根本路径——管办评分离。本文拟以治理理论为理论指导工具,以高校管办评分离为契机,以政府职能转变为主要研究对象,以政府职能转变的方式与内容为研究重点,具体回答在高校治理中该建设什么样的政府、具体怎么管、如何办、谁来评等问题,从而构建政府-高校-社会新型关系,实现政府对高校的善治。