市场经济的快速发展带动土地二级交易市场的繁荣,由于市场经济自身存在自发、盲目、滞后性等缺陷,二级土地交易市场法律制度的不健全,市场主体追求利益最大化的目标与市场失灵之间的矛盾日益尖锐,土地本身的稀缺性和不可再生性以及房地产开发合同本身所具有的周期长、风险大的特征,物权体系和物权变动规则不完善等原因,使得市场繁荣的背后存在经济发展的负外部效应,陷入瑕疵合同性质、瑕疵合同效力、违约责任难以认定的窘境。本文通过重庆市索特和万基公司土地使用权转让纠纷一案来分析,旨在确定合同性质、认定瑕疵合同的效力以及双方违约情形下违约责任的分配,旨在完善土地使用权转让制度,规范市场秩序,维护司法权威,保护交易安全,促进经济发展。本文以瑕疵合同效力为核心,具体通过合同性质的确定、瑕疵合同效力的认定、违约责任的分配、违约金额的确定来分析。首先,梳理案情,明晰焦点,通过比较分析三次审判的结果,明晰本案争议的焦点以及本文研究的核心问题；其次,通过共担风险、固定利润、具体参与程度三个要件对比分析合作开发合同与土地转让合同,认定本案中合同的性质；第三,综合分析影响瑕疵合同效力的因素,通过剖析涤除权的使用、物权变动模式对合同效力的影响、期待利益对合同效力的影响、权利担保与合同效力的关系等要素来认定合同效力；第四,在合同性质和瑕疵合同效力确定的基础上,具体分析违约责任的分配和违约金额的确定；第五,根据后发优势理论,结合我国国情,评析案件三次审判的结果,为土地制度的建设和完善提出可行性的措施。