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本研究对6个甘肃牦牛、2个普通牛和1个犏牛群体的乳蛋白遗传多样性作了调查，以期探讨甘肃牦牛的群体遗传变异。常规聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE）检测到2种α-La基因型（α-LaBB和AB）、6种β-Lg基因型（β-Lg AA、AB、AE、BB、BE和EE）和2种β-Cn基因型（β-Cn AA和AB）。用3个乳蛋白位点的Nei氏平均基因杂合度估计的群内遗传变异在天祝白牦牛中最小（H=0），夏河牦牛中最大（10.62％）。但与犏牛（19.65％）或普通牛（26.61％）相比，牦牛的群内遗传变异相对较少（平均为4.8％）。牦牛的群体内平均基因多样度HS=4.8％，群体间的基因多样度DST=0.44％，群体间的基因分化系数GST=8.4％，说明乳蛋白的变异只有8.4％来自群体间的差异，这表明甘肃牦牛无论在群体内、还是在群体间的遗传分化程度都较低。因此，为了提高其生产性能，除本品种选育外，需要引入其近缘种（如黄牛）的血液来丰富其群体的遗传多样性。