计税依据明显偏低条款与《税收征收管理法》第三十五条一至五项规定间的显著差异引起了学界对本款规定性质的讨论,同时计税依据明显偏低条款在税收征收制度中的扩张适用问题也引发了对条款适用问题的探讨。计税依据明显偏低条款的要件构成基本明晰,即“计税依据明显偏低”、“无正当理由”。但是立法对于该等要件的具体内容规定粗疏,正当理由在具体语境中适用模糊。税收行政和司法实践中也存在过度保障国家税收利益的现象,正当理由认定范围愈加狭窄,阻塞了纳税人的救济通道。计税依据明显偏低条款的适用问题集中体现在正当理由要件的认定上。计税依据明显偏低事实仅是税务机关依照经验事实作出的初步判断,并非最终结果。正当理由要件正是对前述经验总结的一种补充机制,其认定不仅需要衡量纳税人所述理由是否正当,更要针对纳税人的课税事实进行查证。正当理由要件认定分为事实认定和正当性判断两个层面。在事实认定层面,应着重分析纳税人协税义务与税务机关证明义务之间的联系与区隔,明确责任分配机制,完善双方权义关系配置。在正当化认定层面,应厘清国家税收利益与纳税人权益之间的界限,扩大正当化认定的范围以保障纳税人合法财产权益。对此,可制定统一的认定标准,为税务机关自由裁量提供明确指引。明晰正当理由要件的认定路径后,还需要对纳税人与税务机关义务权义履行的程度作出明确,以确保正当理由认定要件发挥实效。在事实认定上,需要明确纳税人协税义务履行的限度,以明晰税务机关证明义务的负担范围;在理由正当化的认定上,明确正当化认定的具体情形和适用方式,以避免税务机关滥用裁量权力。正当理由构成要件内容分析和适用规范尚属于法律适用的内容,最终仍需依赖制度规范发挥实效。在实体制度设定上,首先应当赋予纳税人相应权利以强化纳税人权益的保障机制,其次应当设定统一认定标准,对税务机关的自由裁量权施加相应限制,防止权力的扩张和泛滥。在程序制度设定上,需从税务机关内部行为控制出发,从做出行政行为的程序规范、听证制度以及公开制度等方面展开,保障税务机关义务履行。