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贾第虫、隐孢子虫、微孢子虫是是重要的人畜共患肠道原虫,可感染人、宠物和多种家畜,它们在动物和人群中的基因型分布、宿主特异性、传播特点等方面的研究在我国鲜有报道。为了解三种肠道原虫在河南省奶牛、绵羊和猪的流行情况及基因型分布特征,本文开展了分子流行病学调查研究。采用卢戈氏碘检查法分别对河南省15个奶牛场、9个绵羊场和10个养猪场的1777份奶牛、716份绵羊和897份猪新鲜粪样进行检查,分别在13个奶牛场、5个绵羊场和4个养猪场检测到阳性十二指肠贾第虫包囊,总感染率分别为7.2%(128/1777)、6.7%(47/716)和0.6%(5/897)；其中以1月龄以下犊牛、6月龄以下羔羊和仔猪的十二指肠贾第虫病感染率最高。采用贾第虫多位点分析法(基于SSU rRNA、TPI、GDH和BG基因)对128份奶牛贾第虫阳性样品、47份绵羊贾第虫阳性样品、897份猪粪样品进行了贾第虫基因型鉴定。在奶牛、绵羊和猪体中共鉴定出2个基因型,分别为人畜共患的基因型A(奶牛：21个,绵羊：31个,猪：9个)和家畜特有的基因型E(奶牛：58个,绵羊：5个,猪：2个)。基于TPI基因的序列进化树显示,河南省牛、羊和猪的十二指肠贾第虫基因型和基因亚型间无严格宿主特异性；其中,奶牛和绵羊的基因型A和基因型E可分成多个多位点基因亚型(MLGs),系统进化树显示,所有的MLGs均构成独立的分支,提示河南省十二指肠贾第虫可能存在地理隔离和适应性变异；奶牛源的MLG AⅡ-1亚型与国外人源的MLG AⅡ-1亚型相似性为100%,提示贾第虫存在人与奶牛之间传播和流行的可能性。采用饱和蔗糖溶液漂浮法对272份小于3月龄的奶牛犊牛、897份猪粪样进行隐孢子虫检测。镜检阳性率为分别为7.3%(20/272)和0.9%(8/897)。基于SSU rRNA基因PCR法对所有犊牛、猪的粪样进行隐孢子虫种鉴定,奶牛中发现四个虫种：C. ryanae(32个)、C. andersoni(28个)、C. bovis(23个)和C. parvum(4个),其中C. ryanae是该奶牛场3月龄以下犊牛的优势虫种。基于GP60基因位点对犊牛源微小隐孢子虫进行基因亚型鉴定,鉴定出存在人畜共患基因IIdA15Gl亚型；猪粪样品中发现Cryptosporidium pig genotype Ⅱ(19个)和C. suis(9个)。。利用ITS序列对897份猪粪样进行毕氏肠微孢子虫检测,发现阳性样品485份,总感染率为54.1%；对200份猪阳性毕氏肠微孢子虫进行基因型鉴定,共鉴定出6个基因型,包含F、pigITS5、 EbpD、EbpC和TypeIV5个已报道的基因型和一个新的基因型。种系发育分析显示所有的基因型均位于毕氏肠微孢子虫基因型的Group1群中,属于人兽共患的致病群。河南省是全国家畜存量最大的省份之一,家畜的排泄物数量巨大,存在环境特别是饮用水源被污染的风险。以上家畜的三种肠道原虫的分子流行病学调查为人畜共患肠道原虫病的风险分析提供了基础资料和溯源工具。