环状RNA在食管鳞癌患者中的表达谱及预后价值

来源 :郑州大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:mazipeng
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
目的食管鳞状细胞癌(Esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)是一种高侵袭性、预后较差的胃肠道恶性肿瘤。环状RNA在不同组织或不同发育阶段表达的差异性和其环状结构的稳定性使其可能作为一种良好的预后标志物。本研究的目的是探讨环状RNA在食管鳞癌患者中的表达谱,识别出具有预后意义的环状RNA,并利用环状RNA相关特征来预测食管鳞癌患者的生存期。资料及方法通过RNA-seq检测73对食管鳞癌患者的肿瘤组织和正常组织的环状RNA表达谱。采用主成分分析(Principal Component Analysis,PCA)、T分布随机近邻嵌入算法(T-Distribution Stochastic Neighbour Embedding,t-SNE)和层次聚类等生物信息学方法分析环状RNA的表达特征。以73对食管鳞癌患者为测试组,以125例术后食管鳞癌患者的独立队列作为验证组。经过实时定量PCR(Real-time quantitative PCR,qRT-PCR)、琼脂糖凝胶电泳、RNA荧光原位杂交(RNA fluorescence in situ hybridization,FISH)。采用单变量 cox 回归分析、随机生存森林(Random Survival Forests,RSF)变量分析、Kaplan-Meier 分析、多变量cox回归和受试者工作特征曲线(Receiver Operating Characteristic curve,ROC曲线)分析筛选具有预后特征的环状RNA。结果1.生物信息学分析显示环状RNA在正常组织和食管鳞癌组织的表达谱存在显著差异。在CIRI检测到的31542个环状RNA中,癌组织较正常组织中差异表达的环状RNA有1 1651个,其中与ESCC患者生存相关且差异表达的环状RNA 共 1202 个(P<0.05)。2.经过多种统计分析和机器学习分析,我们筛选出一个包括4种环状RNA(circ0000005,circ0007541,circ0008199,circ0077536)构成的环状 RNA特征,具有最佳的预测价值。3.该特征可将食管鳞癌患者分为两组,两组患者的总生存期存在显著差异(中位生存期19.2个月vs>60个月,log rank P<0.001),并在验证组中证实了该特征的预测能力(logrank P<0.001)。4.四种环状RNA在食管鳞癌组织和细胞系中的表达也得到了验证。结论1.环状RNA在食管鳞癌组织和癌旁组织中的表达存在差异。2.4-环状RNA风险评分可作为评估食管鳞癌患者预后的预测因子,具有较高的临床运用价值。
其他文献
随着遥感技术的发展,光谱成像已经在农业、生物医学等方面得到了广泛的应用,其中研究人员已经表明:人脸的不同部位具有巨大光谱变异性。而高光谱成像能够捕获这种变异性特征,使得高光谱图像具有更多的判别信息,因此可以将高光谱成像技术用于人脸识别。高光谱图像具有谱带多、信息量大等高维特征,而手工特征提取方法如Gabor、HOG、LBP等已经无法满足这种复杂高维特征的需求。在人工智能飞速发展的今天,深度学习已经
目的:分析CT及MRI多模态影像学诊断方案在鼻腔鼻窦肿瘤检出及诊断的临床应用价值,为临床术前评估及治疗方案的确定提供影像学基础。方法:选取张家口市第四医院自2016年1月至2
目的:针对PCI术后的患者普遍存在气滞血瘀的特点,运用行气活血汤作为辅助治疗并进行临床疗效观察,对行气活血汤治疗PCI术后稳定性心绞痛,提高生活质量进行研究观察,从而为中
工作记忆与注意是构成信息加工系统的两个基本的认知机制,一直以来都被认为是相互独立的。近年来,有研究者对工作记忆与注意的关系提出了新的理论,认为工作记忆是一种内部导
钢铁材料在工程中具有十分广泛、重要的应用。按照铁的晶格类型,可分为体心立方结构(Body-centered cubic,BCC)和面心立方结构(Face-centered cubic,FCC)两大类。由于构件在服役过程中不可避免受到外界载荷作用,易发生循环变形,如疲劳、棘轮等,影响构件的使用寿命和运行安全。材料的塑性变形本质上是位错运动的宏观表现,材料晶体结构通过影响派纳力等因素直接影响位错运动的
新疆昭苏县阿尔恰勒铅锌矿床位于西天山伊什基里克成矿带的西部,区域构造为早石炭世古洋壳俯冲的岛弧环境。矿区位于一个单斜构造上,地层为东西走向,向北倾斜。矿体呈板状、透镜状、似层状顺层产出于下石炭统阿克沙克组灰岩地层中;其上不整合覆盖有下石炭统大哈拉军山组的火山岩地层,矿区内广泛发育的阳起石化为铅锌找矿的直接标志。但是关于该矿床的成因一直存在分歧,本文对采自矿区平洞内样品开展流体包裹体测温工作,并通过
目的:胶质母细胞瘤是成人最常见的中枢神经系统恶性肿瘤,恶性程度高,预后差。近年来研究发现炎症微环境与肿瘤的发生发展密切相关,在胶质母细胞瘤中,炎症微环境中TNF-α与胶
米芾、米友仁父子在中国艺术史上有着举足轻重的地位,他们的山水画曾取法董源、巨然并作出创新,开创了山水画新的画风和面貌——“米氏云山”,“米氏云山”多运用横“米点”
陶瓷基复合材料(Ceramic Matrix Composites,简称CMCs)是一种高温力学性能优异的结构材料,近年来被广泛应用于航空航天领域。螺栓联接是CMCs结构中最为常见的一种机械连接形式。如何确保螺栓连接结构在服役过程中不发生破坏和失效,是CMCs结构设计领域的重要课题。CMCs螺栓拥有复杂的细观结构,其失效与细观结构密切相关。但是目前对CMCs螺栓失效的研究没有充分考虑细观结构的影响
EICC(电子产业行为准则),旨在电子行业的全球供应链中,建立标准化的社会责任感行为规范。威海恒科工厂的主要工作为代理三星公司加工打印机模具,三星打印机公司为了考察恒科工厂是否具备服务资质对其管理进行了EICC认证考核。同时恒科工厂本身在管理上也存在严重问题,如薪酬滞后、超高劳动强度、侵权用工、只使用不培训、重产量轻品质,吝于购买污染处理器、大小严重的安全隐患事故的出现等等。在市场竞争激烈的现代生