养殖实践表明,草鱼的病害通常发生在幼鱼期,即一龄之前,而较少发生在三龄之后及性成熟后的成鱼中。到现在为止,对草鱼疾病免疫与生长年龄的相互关系研究,特别是对于这个过程中,研究调控基因表达相对较少,而以DNA甲基化分子机制为切入点,来研究对动物基因调控的重要机制还不够深入。本研究选取正常发育的一龄和三龄草鱼(GC1Y和GC3Y)的肝脏为研究对象,对这个集消化、免疫和代谢功能于一身的器官进行转录组测序、全基因组甲基化测序,通过转录组分析和DNA甲基化分析,寻找在自然生长状态下,在不同生长年龄,DNA甲基化水平的变化情况,并探究与基因表达之间的相关性,聚焦于免疫相关基因,探究其对于草鱼生长的功能作用。主要结果如下:1)DNA甲基化水平在草鱼发育过程中,呈总体下降趋势,但是发现在启动子区域、以及第一外显子和个别内含子区域中,甲基化水平呈现升高状况,这些区域与基因的转录相关。2)草鱼肝脏DNA甲基化位点,具有明显的分布特征。共鉴定共3440个差异甲基化位点(DMS),甲基化率下调的比例较高,占总量的60%。53.2%的DMS位于内含子,是外显子区域DMS数量的2.7倍。这些DMS主要集中在起始的内含子/外显子中,尤其是第一个内含子中。3)甲基化数据分析鉴定出2048个DNA差异甲基化基因(DMGs),其中包括797个甲基化率上调的基因和1223个下调的基因。转录组测序后,分析得到4992个差异表达基因(DEGs)。同时属于既是差异甲基化基因和差异表达基因的(DMGs&DEGs)有377个。4)功能注释显示,差异表达基因、差异甲基化基因以及既是差异甲基化基因又是差异表达基因主要富集于PI3K-Akt信号传导通路,以及与之相关联途径的免疫通路。5)通过构建分析免疫基因相关的功能网络图,并从中挑选了13个DMGs&DEGs基因进行q PCR验证,结果显示甲基化水平上调,而转录水平受到抑制,说明这些基因上游区域的甲基化变化对基因的表达具有重要影响。6)亚细胞定位预测出的、定位在细胞膜上的DMGs主要富集于钙信号传导通路上,以及神经活性配体-受体相互作用通路中。众多的G蛋白偶联受体基因发生差异甲基化状况,暗示了G蛋白偶联受体甲基化对生长发育具有重要调控作用。以上所研究的成果,将拓宽了我们对草鱼发育过程中后天免疫获得的认识,对于今后研究草鱼自身免疫和相关发育的研究具有一定程度的科学提示作用。