本文从伊斯兰教沿陆路“丝绸之路”和平东传进入西域开始，探求了伊斯兰教与维吾尔族伊斯兰教寺院建筑之间的关系。维吾尔族伊斯兰教寺院建筑最初诞生于以喀什(包含阿图什)为中心的南疆地区，然后从南到北传播开来。伴随着伊斯兰教的传播推广和信仰的统一，维吾尔族伊斯兰教寺院建筑经历了形成(喀喇汗时期)、发展(西辽—叶尔羌、准噶尔时期)、高峰时期(清朝)及缓慢持续时期(民国—解放前)等四个历史阶段。其中概述了前两个时期的伊斯兰教寺院建筑的演变过程，详述了清朝时期各种伊斯兰教寺院建筑在全疆各地的地域特色、时代特征和民族个性。维吾尔族伊斯兰教寺院建筑在实践中，不断借鉴、吸收中亚及阿拉伯式的伊斯兰风格，创立了不同于回族的伊斯兰建筑体系。最后总结了伊斯兰教寺院建筑在设计上坚持的基本原则及政治经济、文化宗教、民族心理、自然环境等方面的制约因素，正确评价了维吾尔族伊斯兰教寺院建筑在中国伊斯兰建筑史中的地位及社会功能。 本文旨在发扬维吾尔族伊斯兰教寺院建筑在当今的建设领域、文化领域及旅游领域中的特殊价值和意义；理解尊重维吾尔族等穆斯林的宗教感情；呼吁加强对历史文物的保护力度。本文的写作还希望维吾尔族人民在兴建寺院时注重历史传统和现实创新的结合。