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高通量测序技术(High-throughput sequencing)又称深度测序,下一代测序技术[1](Next-generation sequencing technology,NGS),在过去十年中快速发展。测序通量变大、测序速度变快、测序质量变高[2],测序成本已由1亿美金降至1000美金甚至正在往100美金靠近。这些重大变革改变了传统基因组的分析方法并为NGS临床微生物检测开拓了领域[3]。NGS对微生物学的影响是革命性的,不再依赖分离培养而是使用宏基因组学和微生物组学研究宿主和微生物之间