违法所得没收程序是近年来我国刑事诉讼法一项比较重要的创新内容。自2012年正式施行以来,该程序在打击犯罪和追缴违法所得方面起到了重要的作用。不仅挽回了大量的国家和社会经济损失,也对试图逃匿躲避刑事处罚的犯罪人起到了极大的震慑效果。不过,随着适用案件的增多,该程序在司法实践中也暴露出来了一些问题。如利害关系人范围不明确,证明标准模糊,申请没收财产的处置没有充分考虑利害关系人的利益等。上述问题的存在,对相关利害关系人的权利产生了直接影响,决定着其正当利益能否得到充分保护。因此,我们应立足于实际的基础上对该程序的相关规定进行完善。建议对违法所得没收程序中有关利害关系人权利保护的制度规定进行优化设计,以适应司法实践的新需求。具体完善建议是:首先,明确利害关系人的范围,解决债权人能否参与该程序的争议;其次,合理界定本程序的证明标准,对与犯罪相关的事实与申请没收财产相关的事实采取不同的证明标准;再次,在考量利害关系人利益的前提下改进申请没收财产的处置措施,进一步细化违法所得的范围规定,继续创新申请没收财产的管理模式,增设利害关系人权属主张争议的裁判程序;最后,在立足于我国基本国情的前提下,借鉴参考其他国家没收程序的立法模式,不断扩充该程序的法律规定,甚至可以在条件成熟时将其单独立法。通过上述举措,既实现了打击犯罪、追缴违法所得的初衷,又对利害关系人提供了更加有效的权利保护措施。