农民专业合作社税收优惠制度是指由适用于农民专业合作社的税收优惠相关规定所形成的有机体系,包括实体规定和程序规定两大部分。目前我国与世界绝大多数国家一样,出台了一系列对农民专业合作社的税收优惠规定,但这些规定不尽合理,存在着法律效力层级低、认定标准笼统、优惠力度与幅度不足、间接优惠措施缺乏和优惠程序缺失等问题,必须加以完善。完善农民专业合作社税收优惠制度具有迫切的现实需要和显著的积极作用。由于农业与农民专业合作社弱质性明显、作为新一代合作社的农民专业合作社特点的复杂性以及农民专业合作社与家庭联产承包责任制并行局面的存在,使得完善农民专业合作社税收优惠制度变得刻不容缓。做好这项工作,有助于克服税收优惠的负面效应、实现税收公平、促进农民专业合作社功能的发挥和价值的释放。完善农民专业合作社税收优惠制度必须坚持税收优惠法定、税收优惠中性和税收优惠比例原则,并在这些原则的指导下具体采取增设税收优惠条款、提高税收优惠法律文件效力层级、细化税收优惠享受资格与范围认定标准、实行单一税制并加大优惠力度与幅度、并举直接与间接税收优惠方式、构建税收优惠登记申报与核定监管程序等措施。