亲和色谱法作为一种基于生物分子识别原理的纯化工具,可一步纯化得到高纯度和高收率的重组蛋白。然而,对于大多数重组蛋白而言,往往难以获得合适的亲和配基。为了发展一种广谱、通用的亲和纯化技术用于重组蛋白高效纯化,本论文探索了纳米抗体的肽标签免疫识别系统作为亲和层析平台的可行性。本论文通过原核表达制备了两种能够特异性识别肽标签的纳米抗体（BC2-nb和Syn2-nb）,将两种纳米抗体通过氨基固载的方式固定在琼脂糖凝胶上,eGFP-BC2T和eGFP-EPEA为模型蛋白,考察并比较了两种纳米抗体免疫亲和柱的静态吸附性能、柱吸附和洗脱行为,同时探讨了不同pH条件和不同盐浓度对eGFP-BC2T和eGFP-EPEA吸附的影响。主要研究内容及结果如下:（1）两种纳米抗体及模式蛋白的表达纯化与亲和力测定:成功地将融合His₆-tag的BC2-nb和Syn2-nb纳米抗体转化至E.coli ShuffleT7（DE3）中,并且可溶表达,目标蛋白的产量为80⁹0 mg/L发酵液,纯度可达85%以上。eGFP-BC2T和eGFP-EPEA两种可溶的模式蛋白约占细胞破碎液中总蛋白含量的11%,IMAC纯化后纯度大于85%,最终产量为150 mg/L发酵液。利用Biacore进行BC2-nb和Syn2-nb的亲和力检测。Biacore测得BC2-nb的平衡解离常数K_D值为1.40*10^-99 M,Syn2-nb的平衡解离常数K_D值为6.26*10^-88 M。（2）两种纳米抗体亲和介质的制备及性能表征:BC2-nb固载量为11.5 mg/mL,偶联率为38.3%。相较之下,Syn2-nb的固载量为7.0 mg/mL,偶合率为23.3%。10 mM NaOH作为两种免疫亲和柱最优的洗脱缓冲液条件。BC2-nb免疫亲和介质在100 mM PBS（pH 7.4）的上样缓冲液溶液条件下的动态结合载量（Dynamic capacity,DBC）为21.4 mg/mL,固载后的纳米抗体活性保持率为83.1%。Syn2-nb免疫亲和介质在100 mM PBS（pH 7.4）的上样条件下的DBC为5.8 mg/mL,固载后的纳米抗体活性保持率为42.9%。通过拟合计算得出100mM PBS（pH 7.4）的上样条件下,BC2-nb免疫亲和介质的饱和吸附容量为23.0 mg/mL,平衡解离常数为1.316*10^-66 M。Syn2-nb免疫亲和介质的饱和吸附容量为6.5 mg/mL,平衡解离常数为8.92*10^-66 M。（3）两种纳米抗体亲和亲和介质的使用效果评价:两种基于纳米抗体的免疫吸附介质从细胞破碎上清液中一步纯化目标蛋白,使用HPLC确定目标蛋白的纯度大于90%,明显优于IMAC的纯化效果。通过使用免疫亲和色谱法将IMAC纯化后的目标蛋白进行精纯,目标蛋白纯度进一步提高。但研究发现,在多个循环中,BC2-nb和Syn2-nb免疫亲和介质DBC持续下降。结合容量的损失可能与碱性洗脱条件的使用有关。上述结果表明,纳米抗体作为亲和配基具有良好的亲和分离效果,以BC2-nb为配基的亲和介质具有更优的吸附载量,具有较好的应用潜力。但是由于较高的结合强度,普遍存在洗脱条件苛刻的问题,影响吸附介质的重复使用性,未来可通过定点突变调控纳米抗体与短肽标签的亲和力以提高免疫亲和介质的整体性能。