高管激励机制与企业财务绩效的关系问题一直是学术界和实务界研究的焦点。早在上个世纪20年代,西方学者就开始对高管激励机制与财务绩效的关系进行研究。在全球经济经历金融危机的背景下,企业的高管激励机制对财务绩效又能产生怎样的影响；什么样的激励机制才能更好的激发管理者的动力等问题成为专家和学者们重新关注的话题。创新型企业拥有先进的技术和管理方式,发展创新型企业无疑是我国积极面对世界金融危机的重点之一。高管是创新型企业的领导者,创新型企业高效、可持续创新的前提是拥有优秀的高级管理人员。因此,研究创新型企业高管激励机制和财务绩效的关系,完善高管激励机制,对创新型于提升企业的财务绩效和实现创新型企业的可持续发展都具有重要的意义。在对创新型企业、高管激励机制和财务绩效等相关概念进行界定的基础上,首先,分别从经济学、管理学及相关财务学的角度介绍了创新型企业高管激励机制与财务绩效的理论基础,并分三个层次对创新型企业高管激励机制对财务绩效的影响作了理论分析,从而得出创新型企业高管激励机制影响财务绩效的理论路径。其次,由我国创新型企业的自身特点出发,对高管激励机制的现状进行描述和分析,并利用面板数据模型对50家上市的创新型企业高管激励机制对财务绩效的影响进行实证分析。实证结果表明,创新型企业的高管激励机制与企业财务绩效具有长期而稳定的关系；面板数据的随机效应模型和固定效应模型估计结果表示,创新型企业的前三位高管薪酬对每股收益起到短期的促进作用,但是效果并不持续,前三位高管薪酬对净利润增长率和资产周转率起到短期的促进作用。最后,在结合理论分析和实证分析的基础上,通过理论与现实情况的对比,针对创新型企业高管激励机制中存在的缺陷,基于提升财务绩效的角度分别从内部激励和外部激励两方面对创新型企业完善自身高管激励机制提出对策建议。为完善创新型企业内部激励机制提出了完善公司内部治理、注重对高管的创新激励及建立多元化的激励机制体系的对策；而对提升创新型企业外部激励的效率则提出了培育经理人市场、加快资本市场建设、建立健全有关法规、建立对企业家的创新表彰制度及注重对全社会创新文化的建设的建议。