国际贸易一方面反映了经济发展水平，一方面也作为增长的动力，推动了经济的发展。从古典经济学以后，国际贸易理论开始对贸易产生的原因与结果以及与之相应的政策进行分析。对国际贸易理论的研究方法越来越细，手段越来越严密。但是其模型都假定企业是同质性的，将企业的大部分特征都视为外生变量，忽略了不同企业自身的内部特性。但近期的研究却证明了一个事实：企业是异质性的。目前，中国企业正处在转型升级的关键时期，如何使企业在市场中保持稳定增长是我国政府和企业面临的巨大问题。企业的自主创新能力是企业在国际化经营过程中保持长期竞争优势的关键。自主创新能力既包括技术创新，也包括制度上的创新，它是一个系统性的工程。处理好企业自主创新的各个环节是摆在我国企业面前的一大挑战。本文立足于异质性企业贸易理论，以单个企业作为研究对象，运用世界银行2012年中国787家制造业企业的微观数据，对中国制造业企业的异质性与自主创新能力进行研究。首先对企业的微观数据做出一定的调整，分别选择出能够代表企业异质性的指标与企业自主创新能力的指标；然后构造模型计算出能够代表各企业异质性与自主创新能力大小的具体数值。最后通过比较分析以及建立回归模型研究企业异质性与自主创新的关系。研究结果表明，对于中国大部分制造业企业，企业异质性对其自主创新能力具有正向的促进作用，而自主创新能力对企业异质性也有积极的作用，尤其是技术密集型的产业。