茭白是中国第二大水生蔬菜，种植区域遍布全国。茭白种植过程中，难以避免出现一种不可食用的灰茭，是导致茭白减产和品质下降的重要原因。灰茭与正常茭的内生菰黑粉菌具有较大差异性，而菰黑粉菌是一种专一性侵染茭白的真菌，与茭白互作历史已有千年。因此基于菰黑粉菌的基因组开发茭白表型特异性的分子标记成为一种可行且便捷的途径。本研究开发了一种可用于鉴定灰茭苗的分子标记方法，并通过田间试验证明这个方法可在一定程度上降低灰茭发生的数量。
　　本研究通过收集江浙地区茭白品种的正常茭和灰茭，通过分离培养获得每一个品种茭白的菰黑粉菌，并通过对菰黑粉菌基因组重测序，与梭子茭中MT型菰黑粉菌基因组比对，获得每个品种SNP（单核苷酸碱基多态性）位点信息。所有SNP数量总计214695个，一次筛选后剩下129494个有效位点，再通过筛选T型菰黑粉菌相关SNP位点，获得的SNP位点数位648个，并据此设计AS-PCR（等位基因特异性PCR）引物48对。用已知表型的茭白验证这些位点的准确性，结果表明有8对引物的特异性较高，可用于鉴别T型菰黑粉菌。
　　准确度较高的8个位点再利用T型菌和野茭植株混合物测定各自的检出限，结果表明灰茭检出限比例在（菌：植物）0.001~0.0001之间。通过检测未知表型的茭白苗和薹管预测田间茭白表型，最后结合田间表型观察和统计，评价这8个分子标记位点的可信度。结果表明，利用这8个位点的预测，可以使灰茭比例降低37.86%。