随着我国城市化和城市现代化步伐的进一步加快，如何构建我国城市市区两级政府的新型关系，并在此基础上科学配置我国城市市区两级政府的事权，已成为我国城市发展所面临的一个重大的现实问题。该问题的解决对合理配置城市内部行政资源、提高城市管理效能和优化现代城市治理结构具有十分重要的意义。本项研究的主要内容就是围绕我国城市市区两级政府事权科学合理配置这一主题，以现代城市网络治理为理论分析工具，在借鉴发达国家和地区城市事权配置基本经验的基础上，通过对深圳市城市事权配置的实证分析，探讨在现代城市治理视野下城市市区两级政府事权科学合理配置的一般规律和原则。　　本文主体是由理论阐释、经验借鉴、实证分析三大部分组成的有机整体。　　第一部分，把城市政府的职能事权配置放在城市治理的广阔背景下去思考，在探讨现代城市网络治理实践和理论基本内涵的基础上，系统阐释了城市多元治理、协同治理、均权治理和扁平治理对现代城市市区关系和事权配置的意义和作用。　　第二部分，以现代城市网络治理为背景，归纳了发达国家和地区城市市区事权配置的三大典型模式，并得出了诸如事权有限配置、事权法定、双轨配置、一体化配置、错位配置等一些可供我国城市事权配置借鉴的基本经验。　　第三部分，主要是以深圳为例，以现代城市网络治理理论和实践为背景，全面深入探讨了城市市区事权配置所面临的基本问题，并提出要解决我国市区事权配置的诸多问题，必须跳出传统的市区间事权配置的“分权”或“集权”的二元纷争，按照“先定位、后定职、再配置事权”的策略，在建立市区间以均权治理框架为特征的伙伴关系的基础上，按照社会优先配置、事权配置法定化、分类分级配置、扁平配置、有机系统配置等市区事权配置的一般原则，根据“列举专属事权、调配职能事权、界定共有事权、释放社会事权”的基本思路，以城市事权的属性为标准来科学配置市区事权，并对深化市区事权配置提出了三大创新设想。