牟宗三认为，康德仅完成了超越的哲学与内在形上学的建构。因康德始终认为人不可能获得智的直觉（现通译为知性直观），故并未建立起超绝的形上学。若依照中国固有文化之意涵，那么这一智的直觉就不是一个设准或悬设(postulate)而是一真实的呈现，这样，康德所未能完成的便真实客观的建构起来了。进而牟宗三提出了他两层存有论的构想，并以执的存有论融摄康德的知识学。而基本存有论则只能就道德的形上学而建立，即就无执的存有论一层而建立。这个基本存有论包涵体、用、果三个层面:依吾人的道德意识显露一道德实体（本心、道心、真常心），继而以此道德实体说智的直觉，是实有体;真实的做工夫以在个人的生命中呈现这道德实体，是实有用;最后，因着这种工夫所展露的境界而成圣成贤，是实有果。是以论文的框架即依“实有体”、“实有用”、“实有果”三个层面建立:　　实有体:首先论证《论》、《孟》、《庸》、《易》之通而为一，由此呈现出主观面的孔子之仁、孟子之心性与客观面的《中庸》、《易传》之天道性体之内容意义之合一，由此讲儒家道德的形上学。进而由易体、诚体、心体、仁体之通而为一讲道德实体。此易体之具体展现就是《易传》的“一阴一阳之谓道”，而引发此大用之流行者，乃乾健之创造原则(principle of creativeness)，它即彰显于《乾彖》“乾知大始”一节，此为易理之形式意义(formal meaning)。　　实有用:客观上讲的易理之形式意义是抽象的，它要具体而真实的实现之，就必须由客观的形式转为主观的内容，此即“乾知即良知”一语之所示。以乾知为良知，非《易传》之本义，然就义理上讲，却有相通之处，乾知即良知之绝对义。既已通于良知，则乾知便不能不向下拉，向内收，而最终落实到吾人之心，而以心形著此实体。如是，此道德实体乃是“即存有即活动”的，其真实的意义就是“寂然不动，感而遂通”所示的“寂感真几”。此真几本虚灵妙运，寂照同时，然由于人形体之隔，故真几不能全体呈现，而“仁者见仁，智者见智，百姓日用而不知”，故非要有一段工夫不可。此工夫就是“复见天地心”一语所揭示的“逆觉体证”，这里就有智的直觉(intellectualintuition)出现，而其所照察的物，乃是物之在其自己(thing in itself)而非现象。　　实有果:理非空悬，道不虚设，必待人而体现。通过“逆觉”之工夫，当下体证此道德实体，肯认其为吾人生命之大本大源，此即“成之者性也”一语之所示，而真能充尽此道而至其极者曰圣人，圣人体道的境界就体现在“先天而天弗违，后天而奉天时”一语。依照牟宗三，哲学的思考至最高善（圆善）而止，此所谓最高善本诸康德，然由于康德把上帝存在、灵魂不灭、意志自由只是视为一个设准，故他并不能充分证成此最高善，以其悬设之虚幻故。而儒家则肯认意志自由（自由无限心）为一呈现，则在圣人之境中，即可极成此最高善，这在《易传》中就表现为“贤人之德”与“贤人之业”之一致性。