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在舍饲养羊生产中,饲草料成本占总成本比例最高,约占65%70%,而且随着饲料原料价格的不断上涨,饲草料成本也将日益增加。因此,提高绵羊饲料效率,不仅能充分利用饲草料资源,降低舍饲养羊的饲料成本,提高舍饲养羊经济效益,而且对于保护生态环境、实现可持续性发展等具有极其重要的战略意义。剩余采食量（Residual feed intake,RFI）是衡量绵羊饲料利用效率的理想育种指标。本研究在系统地性能测定基础上,开展饲料效率相关性状的特征和遗传参数估计的研究,结合16S rDNA测序和转录组测序技术,探讨绵羊RFI与瘤胃微生物区系及肝脏组织基因表达的关系。1试验群体构建及饲料效率相关性状特征分析与遗传力估计本研究采用单栏饲养,系统地测定了来自41个父系半同胞家系的207只80-180d湖羊公羔的RFI、生长性状、胴体性状、体组成和肌肉品质等59个性状（199个指标）。结果表明:湖羊公羔在80-180d期间饲料转化率（Feed conversion ratio,FCR）随日龄的增长而升高,全期平均值为5.77,变异系数为10.02%,具有较高的选择潜力。FCR、RFI、日采食量（Average daily feed intake,ADFI）和日增重（Average daily gain,ADG）的估计遗传力分别为0.65、0.40、0.62和0.37,属中高等遗传力性状。2不同RFI羔羊生长性状、胴体性状、体组成和肌肉品质的研究将上述试验群体按个体RFI（80-180d）值分为高（High-RFI,RFI>Mean+0.5SD）、中（Medium-RFI,Mean-0.5SD≤RFI≤Mean+0.5SD）和低（Low-RFI,RFI<Mean-0.5SD）剩余采食量3组,分别有60只、77只和70只。通过对不同RFI组羊的生长性状、胴体性状、体组成和肌肉品质进行方差分析,发现Low-RFI羊的尾脂重及其相对重、肾周脂及其相对重和GR值等反应脂肪沉积的指标显著或极显著低于High-RFI羊（P<0.05或P<0.01）。相关性分析结果表明,RFI与FCR和ADFI呈极显著正相关（P<0.01）,与体重、代谢体重和日增重等生长性状无显著相关（P>0.05）。表明对RFI的选择可提高饲料效率,降低采食量,减少机体脂肪沉积。3不同RFI羔羊瘤胃微生物多样性的研究利用IonS5TMXL测序平台对瘤胃微生物16S rDNA进行测序,获得了6.2 Gb clean data,平均每个样本320 Mb clean data,有效数据达93.96%。Alpha多样性和Beta多样性指标在不同RFI组间存在极显著差异,Low-RFI组羊观察到的物种数、chao1、ACE极显著高于High-RFI组,而goodscoverage则极显著低于High-RFI组。Beta多样性指数在Low-RFI组中显著低于High-RFI组。优势菌群的种类和丰度在不同RFI组羔羊瘤胃微生物区系中基本一致,其差异主要在丰度相对较低的菌落中。在门水平上,Tenericutes在Low-RFI组羔羊瘤胃中的丰度显著低于High-RFI组（P=0.039）,Kiritimatiellaeota则显著高于High-RFI组（P=0.042）。在属水平上,Low-RFI组羔羊瘤胃中unidentifiedPrevotellaceae、Succiniclasticum、Oribacterium、unidentifiedVeillonellaceae、Desulfovibrio菌属的丰度显著低于High-RFI组（P<0.05）,Saccharofermentans、Papillibacter、Anaerovorax菌属显著高于High-RFI组（P<0.05）。4极端高、低RFI羔羊肝脏组织转录组分析从上述试验群体中选择RFI值最高和最低的羊各3只,利用Illumina HiSeqTM2500测序平台对其肝脏组织进行转录组测序,获得了102.15 Gb clean data,平均每个样本17.025 Gb,Q30均在91%以上。按照P<0.05和log2FoldChange≥2的标准筛选出101个差异表达基因,其中61个上调表达,40个下调表达。101个差异表达基因主要富集于代谢过程和免疫相关过程,参与代谢相关过程的差异表达基因在低RFI组羔羊肝脏组织中上调表达,而涉及免疫相关过程的差异表达基因在高RFI组羔羊肝脏组织中上调表达。5差异表达基因的SNPs扫描及其与饲料转化率的关联分析以上述在高、低RFI羊肝脏组织中筛选出的与机体代谢相关的差异表达基因ADRA2A和RYR2基因为目的基因,进行SNPs扫描,并在扩大群体中开展SNPs与饲料转化率的关联分析。结果表明,在ADRA2A和RYR2基因中各发现1个同义突变,分别为ADRA2A g.1429 C>A和RYR g.1117 A>C突变位点。ADRA2A g.1429 C>A突变位点与FCR呈极显著关联,CC基因型个体的FCR为4.67±0.69,极显著低于CA（5.18±0.92）和AA型（5.14±0.93）个体（P<0.01）,即CC型个体每增重1 kg消耗的饲料量比CA和AA型个体少0.51和0.47 kg。RYR2 g.1117A>C突变位点与FCR呈显著关联,AA基因型个体的FCR为5.57±0.67,显著高于CA（5.19±0.66）和CC型（5.24±0.58）个体（P<0.05）,AA型个体每增重1 kg消耗的饲料量比CA和CC型个体多0.38和0.33kg。