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目的: 本实验运用蛋白组学技术，对肝细胞肝癌（HCC）和胆结石病胆汁进行对照性研究，筛选用于诊断HCC的肿瘤标记物。 方法: 收集HCC和胆结石病胆汁及血清样本。去除胆汁中的细胞碎片、胆固醇、黏液；使用cleanasciteTM试剂盒除去其中的磷脂；采用3kDa超滤管浓缩胆汁并滤去多余的盐份。Bradford法检测实验样本蛋白浓度。运用双向电泳技术分离HCC和胆结石病胆汁混合蛋白，其中IPG胶条为pH4-7,17cm,NL。根据凝胶不同染色方法，而决定蛋白上样量，其中考马斯亮蓝（R-350）溶液染色，蛋白上样量为1mg；硝酸银染色，蛋白上样量为150μg。考马斯亮蓝（R-350）溶液染色后的凝胶使用10％乙酸溶液脱色。凝胶蛋白点清晰可见，运用GS-800校准型光密度仪透射扫描凝胶。使用PDQuest8.02D凝胶图像专业分析软件对扫描图像进行分析，寻找 HCC和胆结石病胆汁凝胶的差异表达蛋白点。切取差异表达超过2倍的凝胶蛋白点，对其进行酶解、纯化，利用MALDI-TOF仪器进行蛋白质谱鉴定，获取蛋白指纹图谱（PMF），使用Mascot和MS-fit软件对国际数据库生物信息学检索及分析，鉴定出差异表达蛋白，并查询其生物学功能，了解与HCC的相关性。使用蛋白质印迹（Western blot）和酶联免疫吸附测定（ELISA）检测方法验证硫氧还原蛋白过氧化物酶2（Peroxiredoxin2，PRDX2）在HCC和胆结石病的胆汁及血清中的表达情况。 结果: 成功建立HCC和胆结石病胆汁的双向电泳凝胶图，其重复性好，分辨率高。两种不同染色方法染色的凝胶，背景干净，蛋白点清晰可见，无明显的横向及纵向拖尾。PDQuest软件分析考马斯亮蓝溶液染色的凝胶扫描图像显示HCC与胆结石病胆汁存在126个差异表达蛋白点，对其中32个差异表达超过2倍的蛋白点进行质谱鉴定，结果发现14种差异表达蛋白。通过对蛋白功能查询后，发现PRDX2蛋白表达量与HCC发病存在一定的相关性。Western blot和ELISA分别检测PRDX2在HCC和胆结石病胆汁及血清中的表达量，结果显示PRDX2在 HCC胆汁及血清中的表达量均较胆结石病高，差异有统计学意义（P值均＜0.01）。 结论: Peroxiredoxin2蛋白在 HCC胆汁及血清中高表达，可能成为诊断HCC的新肿瘤标记物。