面对科技进步和经济发展的总体趋势，世界各个主要国家都做出了基本相同的战略选择，即把科技创新作为国家战略，把科技投资作为战略性投资。由于技术创新具有公共性、外部性、不确定性和高风险性等特点，其企业创新的边际收益小于社会创新的边际效益，必然造成企业不愿意进行更多的创新，造成社会新资源投入的不足。随着改革开放的深入，我国企业在技术创新中发挥着越来越重要的作用，R&D投入的力度也在不断加强。在这样的环境下，深入研究我国影响企业研发R&D税收政策的激励效应，对于制定合理的税收政策、加大税收激励的效果，具有重要的现实意义。在新兴战略产业中，医药、替代能源、节能汽车以及环保相关技术和产品将在未来5年大幅增长。生物制药又是医药行业发展的核心。本文利用eviews6.0软件对2008-2010年高新技术企业上市公司中的生物制药行业的数据进行实证分析，得出企业所得税和企业流转税的税负对高新技术企业R&D投入的关系。研究结果表明，企业的所得税税负与企业R&D投入呈负相关关系；企业的流转税税负与企业R&D投入也呈负相关关系，只是相比较而言流转税税负对企业R&D投入的影响比企业所得税对企业R&D投入的影响的作用更加明显。论文根据理论和实证分析，提出了应该改变现在以企业所得税优惠为主的趋势，转向加强流转税优惠的力度，向以企业所得税与流转税优惠并重转变；加大R&D环节的税收优惠力度；转变税收优惠由直接税向间接税的转变；并且综合考虑R&D投资的特点，政府应实施全方位的优惠措施等建议。