大黄鱼是我国重要的海水养殖鱼类,但目前养殖仍以未经选育的野生种为主。集美大学从2001年起,经过连续4代选育,培育了“闽优1号”大黄鱼优良品系。本研究使用微卫星标记对该品系核心群体遗传结构及遗传多样性变化进行了分析,并利用微卫星标记作亲子鉴定,对遗传参数进行估算。主要结果如下:1)群体遗传分析结果:应用13个多态性微卫星标记分析了大黄鱼“闽优1号”品系F1到F4 4个选育世代的遗传结构与遗传多样性变化情况。结果显示,随着选育的进行,4个世代群体遗传多样性指标值渐次下降,F1到F4 13个微卫星位点的平均多态信息含量从0.638下降到0.524,平均等位基因数从5.462下降到4.308,平均观测杂合度从0.779下降到0.532,平均Shannon多样性指数从1.356下降为1.092。F1与其后各代遗传相似系数逐渐减小(从0.7194到0.5813),遗传距离逐渐增加,而相邻世代间的遗传相似性逐步升高,遗传分化指数(Fst)渐次变小(F1~F2为0.0619,F2~F3为0.0511,F3~F4则为0.0475)。随着选育的进行,微卫星位点LYC0002和LYC0054等位基因频率有规律地发生变化,推测其可能与选育性状存在遗传上的相关。上述结果表明,经过连续4代的选育,部分不利基因遭到淘汰,选育群体的遗传基础逐步得到纯化,基因型逐渐趋向纯合,形成了较为稳定的品系。2)亲子鉴定结果:使用9个多态性微卫星标记对利用“闽优1号”品系亲本繁育的3窝人工繁殖的大黄鱼后代(窝1,窝2和窝3的亲本组合分别为3♀×7♂,4♂×4♀和3♀×4♂)进行了亲子鉴定研究,并估算了不同亲本的繁殖贡献率。亲子鉴定结果显示,在95%的置信度下,959尾子代有955尾能够成功找到双亲,窝1,窝2和窝3的鉴定率分别为99.0%(385/389),100%(323/323)和100%(247/247),它们分别属于13、20、10个交配组合。3窝中不同交配组合后代数量差别极大,几个交配组合贡献了大部分的子代,而有些交配组合没有发现后代。父本的子代贡献率在3个窝组分别为1.2%~47.1%,1.0%~89.3%和2.0%~61.9%,而母本的子代贡献率分别为25.1%~37.8%,1.5%~69.6%和8.5%~81.3%。3)遗传参数估计结果:使用MTDFREML软件结合亲子鉴定得到的系谱数据对大黄鱼13月龄生长相关性状遗传参数估算分析,结果表明:全长、体长、体高、体重的遗传力分别为0.06±0.051、0.05±0.047、0.10±0.068、0.09±0.068,皆属于低遗传力,因此进一步选育可能需要采用家系选择法才能获得较好的结果。对遗传相关的分析表明:各性状间遗传相关及表型相关值均较大(接近于1)。这表明对某一生长性状进行选育时,其它相关性状也会得到间接选育。