杧果(Mangifera indica L.)是中国重要的热带水果。本研究对从国内外收集的主要杧果种质材料的重要性状进行了指标界定和系统的评价;同时运用ISSR、SRAP和AFLP三种分子标记技术,从基因组DNA水平进行了杧果聚类研究和亲缘关系分析,旨在为中国的杧果种质资源评价鉴定、分类和分子生物学提供依据。本研究主要结果如下:　　 1.对杧果树主枝与主干夹角、叶柄长度、叶片长度、叶片宽度、叶形指数、叶片形状、嫩叶颜色、花序长、花序宽、花序形态指数、两性花直径、雄花直径、果实长度、果实宽度、果实厚度、果形指数、果实形状、外果皮颜色、外果皮厚度、单果重、果核重、胚数量、果实可食率、可溶性固形物、总糖、可滴定酸含量、糖酸比、Vc含量等共计28个主要生物学和品质性状指标进行了分析和评价,发现其具有丰富的多样性,对其中23个性状指标进行了分级或分类,提出了适用性更强的参考标准,列出了具体的数据指标,提出了参照品种。　　 2.利用优化的ISSR反应体系筛选出适用于杧果ISSR分析的引物26条。其中20条引物在120份杧果材料中共扩增出213条带,平均每条引物产生10.65条带,多态性条带比例为95.00％。各种质遗传相似系数变化范围为0.377-0.896,遗传变异幅度大:以相似系数0.665为阀值,将供试种质分成12类,第一类有96份种质,包含大部分栽培品种,以相似系数0.720为阀值,将第一类种质又可分成14组;聚类结果发现,种质的分类与它们的起源和胚类型没有直接的关系。野生、半野生类型种质与栽培杧果之间相似系数较小,暗示亲缘关系较远。　　 3.利用SRAP分子标记技术对136份市杧果种质进行了亲缘关系分析,筛选出适合杧果SRAP分析的引物46条,其中14条引物获得422条条带,平均每条引物产生31.4个位点,平均多态性比例为:97.50％。136份种质中遗传相似系数最大值为0.856,最小值为0.456。以相似系数0.665为阀值,将供试种质分成12大类,以相似系数0.720为阀值,将第一类种质又分成21组。主要栽培品种和次要栽培品种大都聚在了第一类第一组、二组、四组中;分类结果与种质胚类型类型和来源地没有直接的关系。主要野生、半野生型种质类型虽然大部分都聚在第一类中,但分属于不同组,还有部分在第7类和第10类中,表明这些种质之间亲缘关系较远。　　 4.利用AFLP分子标记技术进行了200份杧果种质的亲缘关系分析,从64对EcoRI/MseI引物组合中筛选出8对多态性好的引物,共扩增得到1568条条带,其中多态性带1539条,平均多态性比例为98.20％,最高引物组合达到99.00％:各种质遗传相似系数变化范围为0.478-0.838,遗传变异幅度大;以相似系数0.665为阀值,将供试种质分成17大类,第一类有169份种质,以相似系数0.720为阀值,将第一类种质又分成23组;黄杧1号和Edward-1亲缘关系最近(SC=0.838),二者叶片、花朵、果实大小相近、形状类似,可能为同一材料;Harris和印度实选1号相似系数最小(SC=0.478)。　　 5.三种分子标记技术基本能把所供试的种质材料分开,而且在分类方面取得较为一致的结果。此外,相比之下,AFLP可靠程度最高,SRAP次之,最后是ISSR。