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经常食用添加抗生素饲料的畜禽,其肠道中会产生大量耐药菌群,而这些耐药菌作为抗生素抗性基因(antibiotic resistant genes,ARGs)的宿主,也会随着粪便进入环境,最终通过可移动基因元件(mobile genetic elements,MGEs)以食物链的形式进入人体。因此我们认为畜禽粪便是抗生素抗性基因进入环境的重要途径,它必须经过相关处理才可以施入农田等土壤环境,而好氧共堆肥是一条粪便无害化处理与资源化利用的重要途径。这种处理对于减少因畜禽粪便农业利用而造成的抗性基因的传播和扩散,探索有效的能从源头上控制抗性基因污染的治理模式有着突出的理论和现实意义。为了探究削减畜禽粪便中的ARGs的有效方法,我们进行了为期一个月的鸡粪与中药渣共堆肥试验。试验根据添加不同体积比(50%,30%,20%)的中药渣设置了对应的三个处理M1,M2,M3,同时以未添加中药渣的鸡粪堆肥作为空白对照(CK),对不同堆肥阶段的21种目标ARGs和5种MGEs的相对丰度通过实时定量PCR进行检测,对ARGs、MGEs和细菌群落的关系进行相关性分析。研究结果表明,鸡粪中的微生物群落优势门主要分布在厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、放线菌门(Actinobacteria)和变形菌门(Proteobacteria)四个主要门中。在堆肥结束后,粪肥中的微生物群落结构发生变化。主要体现在厚壁菌门(Firmicutes)和放线菌门(Actinobacteria)减少,而拟杆菌门(Bacteroidetes)变形菌门(Proteobacteria)增加。但是与是否添加中药渣以及中药渣添加的比例无关。添加中药渣显著降低了堆肥后目标ARGs和MGEs的相对丰度(sulⅠ和intⅠ1除外)。在堆肥过程中,ARGs的相对丰度在堆肥3天后(高温期)有短暂的增加,在堆肥14天后(冷却期)开始下降。随着中药渣的加入,ARGs的去除率增加,去除率为M1>M2>M3>CK。随着堆肥处理的进行,转座酶基因intⅠ2的相对丰度降低,而intⅠ1的相对丰度增加。与对照相比,添加中药渣的处理中MGEs的总相对丰度降低。ARGs与MGEs相关性表明转座酶基因tnp A-02与ARGs之间具有显著相关性(P<0.05)。intⅠ1与磺胺抗性基因sulⅠ呈显著正相关(P<0.01)。因此,转座酶基因在鸡粪中ARGs的水平基因转移中起着重要的作用。网络共现分析和热图分析表明,一些细菌在堆肥过程中的增减与ARGs的增减相似,说明它们可能是ARGs的宿主细菌,从而影响ARGs的去除。