随着技术创新全球化愈演愈烈，R&D活动作为技术创新活动的核心组成部分，在一国的经济发展过程中扮演着越来越重要的角色。各国政府纷纷扩大对R&D活动的投入力度，以在全球经济发展中取得竞争优势，但R&D活动不仅仅应该要求R&D投入即量上的领先，更应该强调R&D效率即质上的领先。对我国而言，要缩短与发达国家经济发展的差距，如何提高R&D效率成为迫切需要解决的一个问题。　　 自18世纪工业革命兴起，随着世界经济的发展、生产力的迅速扩大、生产资源的过度开采和消耗，全球经济发展与生态环境恶化的矛盾日渐激化。伴随着工业企业的大量崛起，能耗和排放密集型工业企业迅速发展，资源环境问题也成为我国经济发展过程中必须要面对和解决的一个重要难题。　　 R&D投入在我国仍是一种稀缺资源，如何提高R&D效率、寻求R&D集约型增长，已成为我国经济发展所面临的最迫切问题。由于行业特点不同、行业所处环境不同、资源配置不同，各行业间的R&D效率往往存在差异。测算行业R&D效率差异，分析行业R&D投量、投向，对优化行业结构及经济发展有着重要的理论和现实意义。　　 本文通过构建行业全要素R&D效率估算框架，运用非参数DEA方法，综合考虑期望产出和非期望产出，对1999-2008年我国制造业行业R&D效率进行了测算与分析。研究结果表明：不论在总体上还是在具体行业上、不论是包含还是不包含非期望产出，单要素R&D效率与全要素R&D效率都存在明显差异，且从具体行业上看单要素R&D效率与全要素R&D效率无关联；不包含非期望产出的行业全要素R&D效率与包含非期望产出的行业全要素R&D效率不具有趋同性，本文根据R&D投入在两个测算模型中行业排名的变动情况将所有行业创新性的划分为经济导向型行业、环境导向型行业和平衡型行业三大类；十年间R&D效率总体上呈现出上升趋势，其中平衡型行业的全要素R&D效率最稳定，环境导向型行业的全要素R&D效率上升幅度最大，经济导向型行业的全要素R&D效率始终维持在一个相对稳定的水平上。因此，行业R&D投入应走出R&D强度误区，兼顾经济与环境，不断提升全要素R&D效率。