本文主要研究以下两个方面的问题：首先，以我国5029份小麦初选核心种质在78个SSR位点的分子数据和其田间农艺性状数据，搜寻了等位变异发生严重偏分布的SSR位点，并证实了其侧翼的确存在着重要的农艺性状基因；其次，以郑引4号、郑引1号及其衍生品种和部分亲本共140个品种(系)为材料，探讨了在郑引4号及其衍生后代品种间是否存在可保守遗传的染色体区段等问题。得到如下结论： 1.我国小麦初选核心种质群体结构不明显，是进行关联分析和选择牵连效应分析的理想群体。 2.QTL作图和关联分析的结果显示，在初选核心种质中，22个等位变异严重偏分布的SSR位点附近存在着控制重要农艺性状基因或与生态适应性相关的基因(或QTL位点)，初步证明选择牵连效应分析是一种比较有效的作图方法。 3.通过标记/性状关联分析，找到了对千粒重、穗长、分蘖、株高等性状影响较大的基因组区段，并与以往的QTL作图的结果基本相一致，还检测到一些新的位点(或区段)。 4.将郑引4号与其衍生品种进行对比分析，发现1B、2A和5A三条染色体上存在13个具“选择信号”的可保守遗传的基因组区段，这些染色体区段内的确存在着控制重要农艺性状基因或与适应性相关的基因(或QTL)。 5.以上述发现为基础，以我国小麦核心种质育成品种为材料，进行上述保守遗传染色体区段内16个SSR位点等位变异数据与6个重要农艺性状数据之间进行关联分析，发现14个SSR位点与重要农艺性状存在一定的关联度，其中12个位点与千粒重存在关联，7个位点与株高、6个位点与有效分蘖、5个位点与穗粒数、4个位点与穗长、3个位点与小穗数之间存在较强的关联。其中一些相邻的SSR位点所反映的选择牵连效应，可能是对同一个功能区段(QTL或基因)的选择所造成的。 6.以选择牵连效应分析为基础，通过标记/性状关联分析是重要基因作图的新思路，可能是资源研究的一条新途径。不仅可以找到重要的基因组区段，还可找到最优异的等位变异(基因)。完全有可能从基因组水平揭示亲本的育种配合力，为分子设计育种奠定理论和材料基础。