兩岸分裂60年後,臺灣地區與大陸地區法域在法律體系和法律內容上存在很大差別,隨著兩岸交流日益增多,法律衝突之發生及增加無可避免。仲裁制度之民間性質,實在是目前解決海峽兩岸人民往來經貿紛爭之最佳選擇。本文研究有關兩岸經貿仲裁合作機制,除兩岸經貿糾紛及仲裁之現狀、兩岸經貿仲裁之主要問題、兩岸經貿仲裁判斷(裁決)相互認可與執行、兩岸經貿仲裁合作外;並論及區際法律衝突、仲裁法律性質之理論、值得參考之國際上重要仲裁公約、兩岸制度及國際間仲裁公約之比較、當事人意思自主原則、平等互惠原則、及衡平仲裁等重要內容。2009年4月26日臺灣地區財團法人海峽交流基金會與大陸地區海峽兩岸關係協會(下稱兩會).就兩岸司法互助與聯繫事宜,經平等協商,達成協議雙方同意基於互惠原則,於不違反公共秩序或善良風俗之情況下,認可及執行民事裁判與仲裁判斷(仲裁裁決);至此,兩岸從默示之平等互惠進而發展至明示之平等互惠,使兩岸經貿仲裁合作機制上確立有效之進展。本文認爲爲儘量避免相同之經貿糾紛事件,如在兩岸各該仲裁機構之仲裁判斷(裁決)下有歧異之結果,影響當事人間之公平正義,兩岸經貿仲裁合作機制有其重要性。兩岸仲裁之合作,可從互納仲裁人做起,兩岸開啓政治協商之前,在兩岸既有基礎下,本文建議透過兩岸相關主管機關授權,循序漸進,經由兩會協定“兩岸聯合仲裁規則”、在兩岸分別設立專門處理兩岸經貿糾紛仲裁機構、次由兩岸處理經貿糾紛之仲裁機構聯合設立專門之仲裁機構、再次成立「兩岸常設仲裁法庭」等,才能克竟其功,確立兩岸經貿仲裁合作機制。以仲裁之民間性質,兩岸互設「准官方機構」都能成立,上揭建議協議應有實現之可能性。兩岸仲裁機構之交流,固然密切,並已取得相當程度之成果,但缺乏兩岸相關主管機關授權,易流於本位立場,治絲愈棼,淪爲空談,而徒勞無功。