明朝建国之后在全国普遍设立卫所,泉州地区的泉州卫就是在全国普设卫所的背景下建立的,泉州地区的其它卫所是为了加强海防而建立的。明代倭患严重,倭寇时常侵犯中国的东南沿海地区,泉州地区受到了倭寇严重的侵犯。明太祖为了加强海防建设,在洪武年间派遣江夏侯周德兴巡视福建,在泉州地区建立了永宁卫、福全千户所、高浦千户所、中左千户所、金门千户所和崇武千户所,这些卫所大多沿海而建,目的是为了保卫地方,防止倭寇入侵。泉州地区卫所的主要任务有三个,分别是卫所军屯田自给、防止商民通番走私和保卫地方。有明一代,泉州地区的屯田情况并不理想,屯田亩数、屯军人数、屯粮数都呈减少趋势,且这三者呈正比关系。泉州地区卫所军的主要职能之一就是查禁私人出海贸易、防止商民通番走私。明代实行海禁政策,隆庆年间曾一度放宽海禁,但明代的大部分时间禁止人民私自出海,出现了人们与外番进行走私贸易的现象,在贸易走私中,还存在奸民勾引倭寇上岸,卫所军作为防止商民通番走私的重要武装力量,需要严防商民走私,抓捕通番走私之徒。泉州地区山多田少,盗贼时常出没,卫所军与地方上的武装力量则需要巡捕盗贼,维护地方治安。泉州地区的文化氛围非常浓厚,卫所军大多都讲经论史,为人们学习提供了良好的学习环境。在这样的文化环境下,泉州地区的卫所军在科举和武举的考试中都能在福建各府中脱颖而出,泉州地区卫所军的中举人数位居福建各府之首。另外,泉州地区还建立了很多祠庙,包括卫所城,不同的祠庙有不同的祭祀对象和内容,在祭祀的过程中反映了卫所城内军民的民间文化信仰。