瘟疫是一种烈性传染病，其流行会造成人员的大量死亡和经济的严重损失，自古以来严重影响人类的生存与发展。本文通过对历史文献资料进行整理、核对和统计，对清代陕西省、山西省瘟疫的特点进行了分析，并选取了康熙三十至三十一年（1691～1692年）、同治初年、光绪初年三个案例，就瘟疫流行的原因进行了若干探讨。　　 清代秦晋地区的瘟疫有着自身的时空分布规律和特征。从空间分布角度看，运城、大同、临汾、榆林等是秦晋地区的瘟疫高发区，其次便是吕梁、晋城及渭南，而发生次数最少的是铜川和安康。从时间分布角度看，清代秦晋地区瘟疫流行主要集中于夏、秋两季。清代秦晋疫情的发生极不平衡，起伏波动幅度较大。从年平均发生率的角度考察，同治年间是疫情发生最为频繁的时期，光绪年间瘟疫流行居于其次，而嘉庆年间是瘟疫发生频率最小的时期。　　 清代秦晋地区瘟疫的发生多与旱涝灾荒、社会风俗、生态环境、战争、罂粟种植等因素有关。在相对和平的时期，旱涝等自然灾害时常会起到相当的作用;而处于社会动荡时期，战事则很可能造成疫情的流行。康熙三十年至三十一年（1691-1692）瘟疫流行主要与干旱灾害、社会风俗、治疫政策等因素有关。首先，干旱会使粮食歉收，人民饥荒，人们身体素质下降成为疫病的易感人群，同时干旱还会造成人口的大量流动，为疫病的感染提供了传播途径;其次，秦晋地区不合理的丧葬习俗，加大了人群感染疫病的概率;再者，清朝治疫政策的疏漏使黎明百姓缺乏医疗救助。同治初年，秦晋地区爆发了霍乱和疟疾两种疫病。由于日常用水习惯和战乱的影响，造成致病因素的滋生蔓延。而光绪初年疫病流行首先是由于受到干旱大灾荒的影响;其次，农民大肆种植罂粟、吸食鸦片，身体的免疫能力降低;再者，清末政府的赈济不均衡，加之吏治腐败、差徭繁重使赈济未达到应有的效果。瘟疫的流行严重破坏了人类的正常生活和生产。