本文论题为对公司章程自治不足与异化的思考，从公司章程自治性不足与公司章程自治性异化的两个方面出发，探讨了公司章程作为公司内部最高文件的内涵、性质、功效，尤其是其在构建运行良好、高效个性的公司结构中重要作用。公司章程虽然并不是法律，却在公司内部可以算的上是一部“宪章”。公司法需要摆正自身的位置以及与公司章程之间的“管辖”划分，把需要由私人主体自我决定的事项留给具有主观能动性、能够迅速适应市场需要的公司章程，以期实现公司法与公司章程之间的平衡运作。本文探讨了公司章程自治不足与公司章程自治异化的原因，提出要以理论为基础，以现实为依托，首先对公司章程自治的边界作出原则性的区分，坚持自由价值优先，公平价值殿后；自治为主，他治为辅；以及区分自益事项和他益事项。在这些原则性的区分的基础上，以不同的公司类型为前提——有限责任公司和股份有限公司，把公司法的规则划分为确权性规则，运营性规则和保障性规则区别对待，具体分析公司法和公司章程应当在哪一类型公司、哪一类别规则上拥有排他性规定、共存性规定和补充性规定。在解决公司章程自治的边界划分后，再提出公司章程自治的不足以及公司章程自治的异化的解决方案。公司章程自治的不足不仅需要法律内容上的改变，更需要公司股东自我对公司章程的重要性的深刻认识，把握发起人在制定章程和股东在修改章程时的权利，充分从公司的现实情况出发，设计出符合公司内部运营和外部发展的一套个性化体系，以便在日益激烈、尤其是在现在全球金融风暴后遗症依然蔓延的经济环境中逆流而上。而公司章程自治的异化则需要公司法对于公司自治边界的准确认识，对于“下放”的事项在充分放手的同时也要留有防备，对于不足以保护中小股东、善意第三人的规范进行完善，确保公司章程依然笼罩于公司法的指引下，不会因过分的放纵而成长为异变的产物。