近年来包括自然灾害、社会群体等在内的公共危机事件将边缘生存的NGO引入人们的视野中,由此引起的NGO与政府的关系变成了一个重要的研究领域,人们不仅通过NGO与政府的关系来考察NGO存在与发展的合法性基础,而且通过NGO与政府的关系来探求NGO发展的环境、发展的动力及发展的趋势。本文的研究从社会主义和谐社会的大背景出发,响应党的十七届二中全会精神,基于我国政府机构职能转变要求和我国现阶段NGO发展的新趋势和新特点,以近年来我国公共危机频发中政府与NGO的表现和作用为切入点,借鉴国外研究成果和经验,综合运用公共管理、公共经济以及社会学等学科的思想和观点,通过对双方对抗关系与合作关系的分析,借用静态博弈论的研究方法证明双方合作的可行性,提出适合我国NGO与政府合作的模式,探求在我国新的社会环境下,NGO与政府公共治理职能之间的权利分配的形成机制,并结合我国NGO与政府在扶贫历程中的合作经验,分析双方合作的现实性、有效性,对我国NGO自身发展过程中遇到的问题和与政府职能转换期间的关系的调整,提出合理的建议和措施,促使我国政府职能的转变能够适应公民社会、公共治理主体多元化发展趋势的要求,希望对将来的合作有一定的价值参考。