近些年来,科技创新频繁被提到国家战略发展的层面,科技创新对我国新常态经济发展有着重要作用。而高校的科技创新尤为重要,党的十九大也明确了高校在我国科技创新体系中的重要作用。改革开放以前,由于我国高校以公有制为主,政府资金是其主要的经费来源。改革开放后,我国高等学校科研投入来源渠道已经大大拓宽,目前我国高校科技创新活动的经费来源主要有政府来源和市场来源。虽然有较多的学者对我国高校的科技创新活动进行研究,但多处于整体上的投入产出层面,并没有落实到高校研发投入的政府来源和市场来源两个角度。这两种异质性的研发投入对于我国高校研发产出有着怎样的影响,分别处于一个怎样的地位,对于高校的产出到底有多大的贡献,政府投入和市场投入之间有着怎样的相互作用关系,在市场化程度和高校综合实力如何影响高校研发产出效率,是我们值得讨论的话题。本文选取了1997-2016年30个省的高校研发投入和产出数据,采用面板门槛模型和面板VAR模型,衡量了高校的政府投入与市场投入的研发产出绩效,检验了政府投入与市场投入之间的关系,从不同分组的角度对比了两者的产出绩效。最后本文结论如下:(1)总体来说政府投入和市场投入都具有显著的正向边际产出,政府投入的边际产出大于市场投入,且两者都表现出规模效益递增现象;(2)通过对研发投入和研发产出的面板VAR模型检验,本文发现政府投入和市场投入之间存在互补关系,政府投入会在未来两期内促进市场投入,而市场投入会在未来一期内对政府投入产生正反馈作用,且政府对市场的引导作用强于市场对政府的反馈作用。(3)只有市场化程度较低、高校综合实力较弱的地区才会表现出显著的一阶门槛效应,同时存在显著的规模效益递增现象。